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由于砍伐及失去栖息地,危地马拉冷杉被世界自然保护联盟列为濒危。它们需要生长在肥沃的土壤上,要与当地的农业竞争。1940年代前它们还很普遍。有指它们在洪都拉斯仍很普遍,但却没有足够的数据支持。一些证据指它们在瓜地马拉的分布就不多于3公顷。加上松果的长成并不规律,而发芽情况也很差,故情况并不乐观。在瓜地马拉托托尼卡潘的森林中存有最大量的危地马拉冷杉,但也同样受到非法砍伐的威胁。故此,它们现正受到《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录一的保护。