根据上述职责，市水利局设7个内设机构：

厦门市水利局

（一）办公室

综合协调局机关和直属单位工作，督促重大事项的落实；负责文电、会务、机要、档案等日常工作；承担信息、保密、信访、政务公开、新闻发布工作；负责局机关内部有关制度建设；组织起草水利地方性法规、规章，承担有关立法规划和协调工作；指导水利行业行政许可工作并监督检查；承担行政应诉和行政赔偿工作；组织协调政策法规的咨询和宣传；承担局机关规范性文件的合法性审核工作。

（二）计划财务处

负责拟订全市水利发展战略和中长期规划，组织编制全市重大水利综合规划、专项规划，负责水工程建设规划同意书和水利基建项目初步设计文件的审查；负责水工程建设项目前期工作；对重大水利建设项目提出审查意见；编制部门预决算，承担局机关并指导直属单位财务管理工作；承担水利综合统计；研究提出有关水利的造价、价格、收费、信贷等建议；承担水利国有资产的监督管理工作；指导水利产权制度改革，承担水利内部稽查、审计和水利资金的监督管理工作；指导水利科学研究和水利行业对外技术交流与合作。

（三）水政水资源处

负责拟订全市水资源规划和水中长期供求计划，组织开展水资源调查评价工作，按规定开展水能资源调查，指导水能资源开发；负责拟订流域、区域水资源开发总量和取水总量控制指标体系；负责全市水资源优化配置，组织拟订全市城乡供水水源的水量分配方案并监督实施，负责全市水源工程和重大引调水工程的水资源调度；组织实施水资源有偿使用制度；负责实施取水许可、建设项目水资源论证报告书制度和水利旅游项目、河道采砂的审批事务；负责发布水资源公报；指导全市水文工作；组织指导水政监察和水行政执法工作，负责跨区域的水事纠纷调处、仲裁；指导水域纳污能力核定并提出限制排污总量的建议。

（四）水利建设与管理处

负责水利工程的建设与运行管理；组织实施重大水利工程建设；负责水利建设市场的行政监督管理；组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；负责江河、海岸、水库、水闸、水电站大坝的安全监管；按照规定组织开展水库、水闸安全鉴定并印发安全鉴定报告书文件；指导水工程管理和定权划界工作；承办水工程保护范围内开发建设、水利工程建设的开工和许可、占用农业灌溉水源和灌排设施、河道管理范围内工程建设方案及在建水利工程度汛方案的审批事项，办理水利建筑企业资质备案；指导水利行业供水、乡镇供水和农村人饮工作；承担5万千瓦以下小水电建设行政管理工作；指导农田水利和基层水利服务体系建设；参与开展水利工程建设稽查；指导监督水利工程安全生产，组织、参与重大水利安全事故的查处。

（五）水土保持处

负责水土保持法律法规的宣传、贯彻和实施；负责水土流失综合防治；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；承担有关生产建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收；承担市水土保持委员会的具体工作。

（六）市人民政府防汛抗旱指挥部办公室

负责防洪法律法规的宣传、贯彻和实施；组织、协调、监督全市防汛抗旱工作，编制市防汛抗旱应急预案并组织实施；组织开展防汛安全检查和隐患点排查整治；承办水库、拦河闸坝汛期防洪调度运用计划审批事项；负责重要河流和重要水工程防汛抗旱调度和应急水量调度；指导水利突发公共事件的应急管理工作；负责防汛指挥系统信息化建设与维护。

（七）组织人事处

承担局党组日常事务工作；负责局机关和直属单位的机构编制、人事、劳动工资、职称、教育培训、体制改革、外事、奖惩、计划生育等工作；负责局机关离退休干部管理，指导直属单位的离退休干部工作。

机关党委

负责局机关和直属单位的党群工作。