根据上述职责，市质量技术监督局设9个内设机构：
（一）办公室
综合协调局机关和直属单位工作，负责督促重大事项的落实；负责局机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传发布和机关内部规章制度建设等工作；负责拟订并组织实施系统计划、财务、会计和基本建设的管理规章制度；负责编制财务和基本建设发展规划、专项计划及年度预决算；负责审核、汇总和下达财务收支年度计划，统一管理系统各类资金和国有资产、基本建设、政府采购工作；负责系统行政事业单位收费报批与管理工作；负责内部财务审计工作；拟订并组织实施系统科技发展规划、计划以及相关的管理规范；组织协调系统科研、知识产权、技术开发、技术引进、技术合作、科技成果评审等工作；组织提出系统技术机构和国家、省质检中心建设规划；统一管理全市质检机构，并负责对其考核授权工作；管理和指导系统技术改造工作。
（二）政策法规处
负责质量技术监督法律法规的宣传贯彻工作，负责相关法规、规章的起草和规范性文件的合法性审核工作；负责对质量技术监督法律法规的实施和行政执法进行指导和监督检查；承担局案件审理委员会的日常工作，负责系统行政诉讼工作；承担全市质量技术监督行政执法人员资格管理有关工作。
（三）质量管理与认证处
组织实施国家、省、市有关质量发展规划；负责拟订提高全市质量水平的发展战略、规划；负责产品质量诚信体系建设，分析全市质量形势、发布质量信息，建立企业质量档案；负责监督管理工程设备质量监理活动，组织重大产品质量事故的调查，按规定权限承担缺陷产品召回工作；负责推进名牌发展战略，负责名牌产品推荐工作和厦门优质品牌评价工作，组织实施政府质量奖励制度，依法组织查处名牌产品等质量标志违法行为；推广先进质量管理经验和科学质量管理方法，按规定权限实施质量专业技术职业资格制度；负责产品防伪的监督管理工作，负责产品防伪备案工作，依法组织查处产品防伪违法行为；负责管理全市认证工作，监督全市认证活动，按照授权承担全市实验室和检查机构的资质认定工作，依法组织查处认证、实验室和检查机构资质认定违法行为；承担系统统计工作；承担市品牌评价办公室的具体工作。
（四）监督处
负责全市产品质量安全监督工作，编制并实施产品质量监督抽检计划，组织产品质量监督检验的后处理工作；负责工业产品生产许可证的监督管理工作；按权限监督管理产品质量检验机构和生产许可证审查机构，负责产品质量申诉工作；按权限监督检查危险化学品包装物、容器的质量；组织开展产品质量安全专项整治工作，依法组织查处产品质量违法行为。
（五）标准化处
负责拟订全市标准化工作发展规划、计划，组织实施标准化战略，组织拟订地方标准规范；指导企业开展标准化工作，负责管理采用国际标准产品标志，依法管理企业产品标准备案工作；承担全市农业标准化、服务业标准化的管理工作；协调和管理全市专业标准化技术委员会、标准化示范项目等有关工作；指导协调部门的标准化工作；负责标准的宣传贯彻工作，监督检查标准实施情况；依法组织查处标准化违法行为；承担市农业标准化领导小组办公室和市实施标准化战略领导小组办公室的具体工作；负责组织机构代码、商品条码管理工作；指导标准信息服务机构和社团组织开展标准化工作；组织我市有关《技术性贸易壁垒协定》（WTO/TBT）的咨询服务工作。
（六）计量处
负责推行国家法定计量单位和国家计量制度；建立和管理全市社会公用计量标准，核准企事业单位计量标准器具，组织量值传递和比对工作；负责计量检定机构、社会公正计量机构及计量检定人员的监督管理；对制造、修理、进口、检定和使用计量器具依法实施监督管理；监督管理商品量、市场计量行为，依法管理计量器具强制检定工作；负责组织仲裁检定和计量调解，依法组织查处计量违法行为；负责监督管理全市能源计量工作；负责监督管理全市机动车安全技术检验机构。
（七）特种设备安全监察处
负责全市特种设备的安全监察，承担全市锅炉、压力容器、压力管道、电梯、起重机械、客运索道、大型游乐设施、场（厂）内专用机动车辆等特种设备生产、使用单位和检验检测机构的安全监察、监督工作；监督检查特种设备的设计、制造、安装、改造、维修、使用、检验检测和进出口；监督管理全市特种设备使用登记；监督管理特种设备作业人员的资质资格；监督检查高耗能特种设备节能标准的执行情况；依法组织查处特种设备违法行为；按规定权限组织调查处理特种设备事故，组织指导全市特种设备应急反应体系建设。
（八）食品生产监管处
负责生产加工环节食品、食品添加剂、食品相关产品的质量安全监管工作，负责食品、食品添加剂、食品相关产品和化妆品的监督抽查及其生产许可证的监管工作；按规定权限参与调查处理相关食品安全事故；依法组织查处食品质量安全违法行为。
（九）人事教育处
负责系统机构编制、人事管理、教育培训、工资管理、职业资格等工作；按照干部管理权限，承担系统领导班子和干部队伍建设；承办系统干部任免、调配、考核和奖惩等工作；负责出国（境）人员政审、局机关离退休干部服务保障工作。
机关党委
负责局机关和直属单位的党群工作。
