根据学校“抢抓机遇、主动对接、凝练特色、服务地方”的办学宗旨，建筑工程系在办学方面形成了以下特色：
坚持以教学为中心，以科研和工程实践促教学：建筑工程系在教学过程注重加强各种实践性教学环节，重视提高师生的工程实践能力。在抓好教学的同时，成立了建筑设计院、建筑检测和节能技术中心以及建筑经济与项目管理研究所等实体机构，形成了教学、科研、生产实践相结合的教育机制和多层次办学体系。近年来完成了多个工程项目的设计和工程管理、咨询工作，取得了良好的社会和经济效益。
坚持开放式办学、面向社会需求“政产学研”合作办学：建筑工程系注重政产学研结合，集中优质资源办学，积极与企业联办专业，实行订单式培养。“政产学研”合作办学的主要形式有：科技合作、学生实践基地建设、与企业共建实验室、设立企业奖助学金等。建筑工程系已与厦门市在建重点工程建设办公室、厦门市造价站、厦门市工程监理协会、厦门象屿工程管理咨询公司等单位建立了长期合作研发关系，正在进行或已经完成的产学研合作项目均取得了良好的社会和经济效益；同时建筑工程系还与兴海湾工程监理公司、员当工程监理公司、天和项目管理公司等10余家知名建筑企业共建学生实训基地，开展学生预就业培养模式试点，使学生在就业前积累必要的工作经验；建筑工程系还正与福建三华房地产公司等3家知名房地产商协商设立奖教奖学金。
坚持厚基础、强过程、重能力，毕业生深受社会认可：建筑工程系既培养富有创造力的应用型的建筑设计人才，又培养专业化的建筑施工或房地产开发与经营管理人才等应用型人才。专业设置和人才培养模式切合海峡西岸经济区，特别是厦门市跨越式发展中大型建设的需要，就业率多年来一直名列全校前茅，不少毕业生已成为厦门工程建设界的中坚力量：相当数量的系友已成为建筑设计院、监理公司以及施工企业的高管人员，有十数位系友为厦门市建设与管理局、厦门市规划局、厦门市国土资源与房产管理局等政府机关的领导班子成员。
建筑工程系的绝大部分毕业生都在厦门市就业，一次性就业率历年均高达92%以上。培养的学生以能务实、敢创新、勤吃苦、动手能力强而深受用人单位欢迎，象屿建设、火炬集团、员当开发、长实监理等一批知名建设企业都是建筑工程系的用人大户。针对04、05、06届建筑工程系毕业生的质量调查表明：在专业知识水平、团队合作能力、分析解决问题的能力、敬业精神、是否愿意继续招聘建筑工程系毕业生和对学生总体印象等10个方面，用人单位反馈评价的优良率均在80%以上。
