生物与环境工程系是我院最早建设的工科系之一，也是与德国下萨克森州开展教育合作的重点系之一。1980年合肥学院前身之一合肥联合大学建校时，首招两个本科专业“应用微生物”和“环境监测”；1985年组建“环境化学工程系”，逐步发展为“化学与生物工程系”、“生物与科学技术系”，2004年10月13日正式定名为“生物与环境工程系”。
生物与环境工程系现有生物工程、环境工程、生物技术、食品科学与工程、食品质量与安全5个本科专业（食品质量与安全专业2014年首次招生）,1个工程领域环境工程专业硕士点。生物工程专业为国家级特色专业，微生物学为省级重点学科，环境工程专业为省级卓越工程师计划试点专业；拥有2门省级精品课程和2门院级精品课程。生物与环境工程系下设生物工程、环境工程、食品工程、实验技术4个教研室；在校学生人数1214人，其中本科生1163人，研究生51人。
我系积极开展国际合作与交流活动。合作之初，德国方面就为“生物工程”本科专业提供了一系列成套的先进仪器设备，使该系在早期就完全具备本科专业办学条件。2003年与德国、奥地利、泰国三国的高校共同申请了欧盟-亚洲链项目，2005年与德国Nelles教授博士共同申请德国技术合作公司/德国国际交流和发展中心（GTZ/CIM）项目、德意志学术交流中心（DAAD）项目等，以期为欧盟在中国的可持续资源化管理教育起到示范作用。2006年以来已成功举办了六届“亚欧环境技术与知识转化”国际会议，产生了良好的学术影响。 依托环境技术转化中心，加强与德国和韩国的高校环境保护产业公司合作，先后接待了德国和韩国的教授和专家100余人次来学院进行学术交流和科研合作。与德国奥斯纳布吕克应用科学大学进行师生双向学术交流、研修活动，10余名教师赴该校参加模块化教学改革培训。另外，还选派教师分别赴美国、德国和格鲁吉亚等国家开展学术研讨、考察等活动；选拔环境工程专业研究生分别赴韩国、德国等国家进行学习交流活动。
拥有先进的实验仪器设备和较为系统的研究条件。专职实验人员7人，其中高级实验师3人，实验师3人，兼职实验人员3人。共有42间实验室，其中基础公共平台实验室6间，专业实验室26间，实训实验室3间，教师科研实验室7间，共计5000平方米，仪器设备总价值2100万元。依托微生物、酶工程、发酵工程等实验室，2014年成功申报了省级发酵工程及应用实训(实验）中心。2011年组建合芜蚌自主创新综合试验区创新平台合肥环境工程研究院，在此基础上2014年设立安徽省环境污染防治与生态修复协同创新中心，不仅提供了培养学生实践能力的场所，又为企业发展储备了人才。
与安徽安科生物工程（集团）股份有限公司、安徽华恒生物工程有限公司、安徽华伊美科技集团有限公司、安徽白帝乳业有限公司等单位联合建立了26个校外实习基地。与企业共建嵌入式校内实习基地安徽合大环境检测有限公司。目前建有产学研平台包括：合肥环境工程研究院、安徽省环境污染防治与生态修复协同创新中心、安徽合大环境工程研究院有限公司、合肥学院水环境治理及污染控制院士专家工作站、中德合作环境技术转化中心、安徽省固体废弃物能源化利用工程技术研究中心、城市固废处理与资源化利用安徽省工程技术研究中心、合肥学院发酵工程研究所和合肥学院食品研发与质量控制协同创新中心等。
倡导和鼓励大学生发展个性，积极参与科学研究、技术开发学科竞赛、文学艺术创造及各类社会实践活动，激发和培养大学生的创新精神、创业意识和科研基本能力，提高大学生人文素养、科学素养和艺术修养。由我系同学组成的“合肥学院BV创业团队” 在第二届“挑战杯”安徽省大学生创业计划竞赛中获得金奖，并代表安徽省参加第五届“挑战杯”飞利浦中国大学生创业计划竞赛获得银奖。2015年我系学生省级以上各类竞赛获奖14项，包括全国大学生英语竞赛一等奖、安徽省第二届生物标本大赛金奖、第十届安徽省大学生职业规划设计大赛铜奖等。生物与环境工程系学生参加一系列国家级体育竞赛，近年来连年获奖，包括2014年CSARA中国大学生校园健身舞锦标赛、安徽省第十二届健身操舞锦标赛、第十二届全国大学生击剑锦标赛，共获得7个第一名、4个第二名、2个第三名。大学生环保协会被中国高校社团联合会等共同授予2014年“全国高校优秀社团”、2015年安徽省高校社团网络评选“百佳社团”光荣称号。
系现有环境工程领域硕士专业学位点1个，也是全院唯一一个专业硕士学位研究生招生专业。2012年服务国家特殊需求全日制“环境工程”专业硕士学位研究生首次招生。4年来已累计培养研究生96名，2015届、2016届研究生已顺利毕业。研究生采用1 0.5 1三段式培养模式：即理论教学 项目实践教学 毕业设计模式。一年的课堂教学和专业岗位认知实习，在校修完国家规定的理论课学分，半年（第三学期）的项目学习和短期国外游学活动；一年的毕业论文（设计）创作，即在双导师的指导下在企事业（院所）完成毕业论文（设计）工作。
