2009年，合肥工业大学整合学校交通学科相关资源成立交通运输工程学院，现设有交通工程、交通运输两个本科专业，拥有交通运输工程一级学科学术型硕士学位授权点和工程硕士学位授权点，在校本科生和研究生640余人。交通运输工程学科已为我国交通运输工程行业培养本科毕业生和研究生1200多人。

学院下设道路与交通工程系、运输与物流工程系，设置交通工程研究所、道路与轨道工程研究所、低碳交通研究所、运输与安全研究所等4个研究所。拥有交通运输工程实验示范中心，并与企业联合共建安徽省智能交通工程研究中心和安徽省智能交通重点实验室，拥有的实验设备价值近千万元，具备了较先进的交通运输工程专业教学与科研的实验条件。

学院现有教职工36人，其中教授（研究员）6人，包括安徽省“外专百人培育计划”1人，教育部“新世纪人才支持计划”1人，“黄山学者”特聘教授1人，“黄山青年学者”1人，副教授（副研究员）11人，具有博士学位的22人，在读博士5人，已初步形成老中青相结合、以青年教师为主体、结构合理、富有创新开拓精神的教师队伍。

学院交通运输工程学科在载运工具运用工程研究方向具有较强的实力，在交通规划、道路工程、城市轨道交通工程等科研方向有一定的特色，先后承担数十项国家及省部级科研课题，在国内外同行内有较高的学术影响。