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合肥工业大学交通运输工程学科在载运工具运用工程研究方向具有较强的实力，先后承担几十项国家及省部级科研课题，在国内外同行内有较高的学术影响。在交通运输规划与管理研究方向、道路工程方向也有较大的发展，承担该方向多项国家与省市级科研课题，并获得近百项地方横向合作项目，交通规划领域的学术水平在安徽省乃至全国同行内已有一定的影响。合肥工业大学交通运输工程学科年均科研经费800多万元，为国家和地方经济建设做出了较大的贡献。
