根据上述职责，市水务局设6个内设机构：

（一）办公室（挂市水利移民安置办公室牌子）

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担安全、计生、保密、信访、政务公开、信息化建设等工作。

负责全市水务工程移民安置和后期扶持管理工作；按职责开展全市新建、扩建、除险加固水务工程征地补偿和移民安置工作；协助有关部门做好农林场移民、城镇非农移民、水库移民的安置和维护稳定工作。

（二）规划财务审计股

组织水务有关规划的编制和审查；拟订水务中长期发展计划、年度计划；协助水务工程项目建议书和可行性研究报告的立项、审核、申报； 组织编制部门预算、决算；提出市级水务资金安排计划；承担水务资金的管理使用、水务工程建设管理的审计监督及绩效的评价工作；承担局机关并指导直属单位的财务、国有资产监管和内部审计工作；提出有关水务价格、收费的建议；承担水务统计工作。

（三）水资源管理股（政策法规股）

拟订水务方面的政策、制度；承担有关规范性文件的合法性审核工作；指导水务行政许可工作；承担城市供水水源和饮水安全规划；承办有关行政复议、行政应诉工作；组织实施水资源取水许可、有偿使用和论证等工作；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；指导入河排污口设置工作，组织核定市管河道的纳污能力；组织编制并发布水资源公报。

（四）建设管理股

监督水务工程建设与运行；负责水务建设项目的审批与审核，组织对水务基建项目及新建工程的竣工验收；组织开展水务设施、江河水域及其岸线的管理和保护；组织开展大江、大河、河口和滩涂的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案的审查；承担河道采砂的管理与监督工作；承担水务建设市场的监督管理；承担水务安全生产工作，指导水库、江河、海堤、大坝等水务水电工程的安全监督管理工作。

（五）农村水利股

组织协调农田水利基本建设；承担农村供水、饮水安全、节水灌溉、排水和雨洪资源利用等工程建设与管理；指导灌区的建设与管理工作；指导农村水务社会化服务体系建设；负责小水电项目建设和运行的管理工作；负责机电排灌工程建设和运行的管理工作；承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核市立项开发建设项目的水土保持方案并监督实施。

（六）人事股（科技教育股）

负责局机关公务员及直属单位人事管理工作；指导本行业劳动保护；组织专业技术职称的评聘工作；负责局党总支部、局党支部学习、宣传教育、组织、统战、工青妇联等工作。拟定水务科技的教育发展规划；负责水务科研项目申报与推广；负责专业技术人员继续教育培训与技术工种职级的评定；协助纪检监察工作。

负责机关和指导直属单位离退休人员管理和服务工作。