办公室协助局领导组织协调各科（室）工作，处理机关日常工作，负责局机关文秘、档案、政务信息、保密、保卫、综合统计、信访和重大会议筹备组织工作。

计划基建科组织编制全市水利中长期发展规划、年度计划、城市防洪规划和专项水利规划；负责制订水中长期供求规划；负责大中型水利基本建设项目建议书和可行性研究报告的立项、申报工作；审批市管项目；制订全市水利投资年度计划；组织协调重点水利工程的建设和验收；组织指导监督全市水利工程招标投标、建设监理、质量监督、造价管理工作；监督实施行业规程、规范、技术标准，拟订全市水利工程建设和管理规章制度；主管全市水利工程建设监理工作；承担水利行业安全生产工作。

水政水资源科负责拟定全市水利法制建设规划和起草有关规章制度并监督实施；负责全市水政监察、水行政执法和涉水违法事件的核查工作；承担水事纠纷协调工作；指导普法教育工作；承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等有关工作；组织全市水资源调查评价；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；核定水域纳污能力，审查入河排污口的设置，提出限制排污总量的建议；指导计划用水和节约用水工作；组织编发周口市水资源公报。

财务审计科筹措管理全市水利资金并监督使用；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等政策，协调、指导全市水利价格收费工作；指导全市水利国有资产监督管理工作；负责局属单位财务管理工作及水利行业内部审计工作。

人事科教科负责局机关及直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和教育培训工作；指导水利行业职工队伍建设；组织开展对外经济、技术合作与交流；承办较大水利科学研究、技术推广工作。

行政审批服务科（工程管理科）负责河道及水利工程的防洪安全管理；组织实施大中型水闸的调度和安全监督管理；编制实施水利工程度汛、岁修、水毁计划；负责河道及行洪区、滞洪区等水域、岸线以及水利工程的管理和保护；负责河道及水利工程的防洪安全行业管理；负责大、中型河道的综合治理和开发利用；负责水利工程范围内建设项目的管理；指导城市防洪、开发利用及水利旅游、河道养殖和水利行业的供水工作；水利工程开工审批；河道管理范围内建设项目工程建设方案审查；水工程建设项目防洪规划同意书；河道采砂批准；护提、护岸林木采伐审核同意；河道管理范围内建设项目位置和界限审查；非防洪建设洪水影响评价报告审批；堤顶、戗台兼作公路批准；江河故道、旧堤、原有水利工程设施填堵、占用、拆毁批准；城市建设填堵水域、废除围堤审查；河道管理范围内有关活动批准；建设项目占用防洪规划保留区用地的审核。

农村水利科组织编制全市农村水利发展规划和年度计划；指导全市农田水利基本建设和基层水利服务体系建设；指导全市农村饮水安全工作和农村节约用水工作；负责农用水井凿井管理；指导农田排涝、灌溉和引水补源工作；指导农田水利工程管理制度改革。

移民科负责全市移民扶持工作；组织指导全市水利移民搬迁、安置；负责全市移民科技培训和新技术推广；协助做好全市移民信访工作。

机关党委负责机关和直属单位的党群工作。

离退休干部工作科负责机关离退休老干部工作，指导直属单位的离退休老干部工作。