哈药集团有限公司的前身为哈尔滨医药集团股份有限公司，是1988年5月16日 经哈尔滨市人民政府批准，在原哈尔滨市医药管理局所属的 31 家国有企业的基础上组建成立的。
哈尔滨医药集团股份有限公司于1991 年12 月改组分立为两部分：即在集团股份有限公司之上成立哈药集团股份有限公司；哈尔滨医药集团股份有限公司更名为哈尔滨医药股份有限公司。同时将哈尔滨医药集团股份有限公司的资产合理地分割为两部分：一是将哈尔滨制药厂、哈尔滨制药三厂、哈尔滨制药四厂、哈尔滨制药六厂、哈尔滨中药二厂、哈尔滨医药商业总公司、哈尔滨药材总公司、哈尔滨医药供销总公司、哈尔滨亚兴房地产开发公司、哈尔滨北方制药厂、哈尔滨千手佛房地产开发公司和哈尔滨市医药工业研究所等效益较好的 12 家企业保留在股份公司中，取消法人资格，作为股份公司的分公司。这 12 家企业中的国有资产折为国有股 18764 万元，由哈药集团有限公司代表国家持有。集团股份有限公司于 1990 年 1 月 12 日 向社会公众发行 6500 万元股本金，由哈尔滨医药股份有限公司使用和管理。二是把集团股份公司的 19 户企业化出，以集团公司子公司的地位存在。
1993 年6月，哈尔滨医药股份有限公司在上海证券交易所上市（股票代码： 600664 ），成为黑龙江省医药行业上市公司。
1997 年1月，由集团公司收购股份公司医药供销分公司。 1997 年12 月，由股份公司采取用亚兴工程公司、千手佛房地产公司的资产等值置换和现金分期付款的方式，收购了集团公司子公司哈尔滨制药二厂，并将其与哈尔滨制药厂实行强强联合，组成了哈尔滨医药股份公司哈尔滨制药总厂。
2000年2月，哈尔滨医药股份公司更名为哈药集团股份有限公司。 集团公司占地面积171万平方米，建筑面积91. 5万平方米 。
哈药集团有限公司青霉素钠原粉及粉针产销量居全国第二位；氨苄西林钠、头孢唑林钠、双黄连粉针、头孢噻肟钠等产品产量居全国第一位；具备西药粉针 28 亿支、中药粉针亿支、水针 6000万支、片剂113亿支、胶囊16.8亿支的生产能力。哈药集团是集科、工、贸为一体的大型企业，现拥有1个控股上市子公司、 13个全资子公司。集团现有职工2.01万人，其中专业技术人员4760名，占职工总数的 23.8% 。集团共生产西药及中药制剂、西药原料、中药粉针、生物工程药品、滋补保健品等 6 大系列、20多种剂型、1,000多个品种，其中主导产品头孢噻肟钠、头孢唑啉钠、双黄连粉针等产销量均居全国第一位，青霉素钠原粉及粉针产销量居全国第二位。2000年实现工业总产值 68 亿元、工业增加值12.4亿元、营业收入66.5亿元、利税10 亿元，分别比上年同期增长56% 、13% 、44% 和 84% ，连续三年实现快速跨越式发展。与全国同行业相比，集团的工业总产值和营业收入二项经济指标均居第一位。
哈药集团秉承“做地道药品，做厚道企业”的企业宗旨，市场份额迅速提升，业务领域不断扩大，部分产品打入欧洲、亚洲、非洲、中北美洲市场，年出口创汇1亿美元以上。凭借“以正合、以奇胜、以德存”的企业理念，积极实施品牌创新战略，赢得了社会各界的普遍赞誉。经国内品牌价值权威评估机构——北京名牌价值资产评估有限公司的评估，哈药集团以136.81亿元的品牌价值成为国内最具价值的医药品牌之一。哈药集团目前拥有“哈药”、“三精”、“世一堂”“钙中钙”等四件中国驰名商标，创全行业及东北三省之最。在树立强大品牌的同时，哈药集团充分利用品牌为公司积累起来的丰富的资源和条件，以更大的气魄投入自主创新工作。公司投资1亿多元打造新药研发体系。围绕其1996年建立的国家级企业技术中心和博士后工作站，创建了生物工程、抗生素、药物制剂、现代中药、OTC药品及保健食品、动物疫苗及兽药等六个方面的技术平台。通过这六个平台集中力量向自己有优势的核心技术、核心产业展开研发，也标志着哈药的新药研发由以往的随意性转向专业性，加快了由完全仿制到创新性研发方向的转移步伐。
经过多年的发展，哈药集团以不断完善的自主研发体系和逐渐壮大的科研队伍，同它强大的品牌一起构成了公司腾飞的双翼。借助这强大的品牌优势，哈药集团自主研发体系获得了充分的成长空间；而公司的品牌建设也从自主研发体系那里获得了强大的动力支持。
2007年，集团2007年营业收入首次突破120亿元大关，达122.8亿元，同比增长22%；利润首次突破10亿元大关，达10.36亿元，同比增长32%；出口创汇首次突破1亿美元大关，达1017亿美元，同比增长120%；品牌价值首次突破130亿元大关，达136.81亿元，两年内升值30亿元。利润和销售收入指标分别在全国医药工业企业第一、二位。经营规模实现历史性跨越，首次跻身世界制药50强行列。在国家商务部公布的中国最大的500家外商投资企业名单中，哈药集团名列第88名。哈药集团控股的上市公司——哈药集团股份有限公司被评为全球华商医药百强冠军；
