学校分为三个校区，分别是位于雅安市的校本部校区、位于成都温江的成都校区和位于都江堰市的都江堰校区，占地总面积约4500亩。
雅安的校本部校区与雅安市区共生，占地面积几乎相当于三分之一个雅安市区。学校大部分本科专业和研究生专业都在雅安校本部进行教学工作。
四川农业大学成都校区位于成都市温江区，占地面积850余亩。其前身是1988年经四川省人民政府批准成立的四川农业大学水稻研究所。1990年12月，水稻研究所从雅安迁到温江。2005年，为适应经济社会发展需要，打造西南乃至全国具有重要影响的农业科技创新高端平台，学校决定以水稻研究所为基础，集中学校最具优势的学科，将位于都江堰市的小麦研究所、位于雅安校本部的玉米研究所、动物营养研究所、园林研究所等研究机构迁至温江，建立四川农业大学成都科学研究院。2008年“5.12”汶川大地震后，根据国家发改委等11部委批复的灾后重建规划，学校将都江堰分校灾后重建项目纳入温江实施异地重建。2010年7月，学校撤销成都科学研究院，成立四川农业大学成都校区。2010年10月10日，成都校区正式启用。
成都校区有4个学院、8个研究所和1个研究中心，即农学院、资源环境学院、经济管理学院、风景园林学院、水稻研究所、小麦研究所、玉米研究所、动物营养研究所、动物遗传育种研究所、预防兽医研究所、生态林业研究所、果蔬研究所和四川省农村发展研究中心。有全日制普通本科生11000余人，硕士、博士研究生1600余人。现有教职工583人，其中具有高级职称的260人。校区有中国工程院院士2人，国家杰出高级专家4人，国家杰出青年科学基金获得者1人，国家有突出贡献的中青年专家5人，国家百千万人才工程人选5人，享受国务院政府特殊津贴专家63人，四川省学术和技术带头人20人，四川省有突出贡献的优秀专家20人。现有博士学位授权一级学科10个，硕士学位授权一级学科13个，本科专业33个，博士后流动站4个（作物学、畜牧学、兽医、林学），国家重点学科2个，国家重点培育学科2个，部省重点实验室10个，省高校重点实验室10个。距成都校区25分钟车程的崇州市桤泉镇，一个占地2300余亩的现代农业研发基地正在建设之中。
沐古风、创新业，古蜀新梦信可寻。从四川通省农业学堂在川西诞生的那天起，学校就被赋予“兴中华之农事”之重任。一百多年后，历史的再次选择，让学校重新回到这片“江水至此始暖”的沃土续写新的篇章。作为学校“一校三区”的重要组成部分，成都校区将着力打造科技创新的高端研究平台，高层次人才培养的重要基地，高水平科技成果推广转化和对外交流合作的重要窗口，为创建有特色高水平“211工程”大学作出更大的贡献。
四川农业大学都江堰校区是四川农业大学的重要组成部分，位于国家优秀旅游城市——都江堰市，被誉为“花园式学校”。
校区占地面积1661余亩，校园占地341余亩，教职工276人，专兼职教师170人，在校生5098人，研究生36人，现设城乡建设学院、旅游学院和商学院3个教学单位，9个党群行政管理部门和1个后勤服务公司和多个培训机构。校区现有土木工程和工程管理2个重点本科专业，12个普通本科专业；8个职教师范本科专业，5个普通专科专业；教授、副教授55人，讲师101人，博导、硕导12人。博士20人，硕士42人。师资队伍中有国家突出贡献的中青年专家1人，享受国务院政府特殊津贴高级专家3人，国家优秀教师1人、师德标兵1人，四川省学术技术带头人、后备人选2人。
校区教学科研成果丰硕，2001年以来校区教学科研人员参编专著22部，发表论文274篇，其中中文核心刊物150篇，被SCI、EI、ISTP收录17篇。校区利用自身资源优势，加强科研和科技服务工作，承担了国家级和省部级各类科研项目43项，科研经费287万余元。同时积极投身地方经济建设，开展校地合作项目114个，合作经费1435万元。
2008年5月19日下午，省委书记刘奇葆，时任省委常委、中共成都市委书记李春城到都江堰市最大的灾民安置点——都江堰校区，慰问看望校区师生和受灾群众。
2008年5月20日，中共中央政治局常委、国务院副总理李克强到校区视察地震灾情，指导抗震救援工作，并慰问受灾群众。
校区灾后重建三年多以来，完成了6栋176套教职工住房，1栋学生普通公寓、1栋学生食堂、1栋综合大楼的重建，办学条件明显超越了震前水平。校区将继承和发扬抗震救灾精神和川农大精神，不断推进有特色高水平“211工程”大学建设，努力为现代农业和区域经济发展作出新贡献！
四川农业大学现任领导为：
校党委书记：邓良基
党委副书记、校长：郑有良
党委副书记、纪委书记：秦自强
党委副书记：庄天慧（女）
副校长：张强朱庆杨文钰陈代文王曙光
副厅级调研员：张广博何临春（女）
