1993年1月，国务院成立了国务院三峡工程建设委员会，这是国务院领导三峡工程建设和移民工作的高层次决策机构。
1996年11月，国务院三峡工程建设委员会监察局正式成立。
2002年1月，原三峡建委办公室、移民开发局和监察局合并，重新组建国务院三峡工程建设委员会办公室（国务院三峡工程建设委员会三峡工程稽察办公室），为国务院三峡工程建设委员会的办事机构，具体负责三峡建委的日常工作。
2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，将国务院三峡工程建设委员会并入水利部，不再保留国务院三峡工程建设委员会。
