(一)负责拟定中央地质勘查基金有关具体实施办法及日常管理规章制度。
(二)研究制定并实施中央地质勘查基金项目总体规划。
(三)组织实施中央地质勘查基金项目。草拟中央地质勘查基金项目立项文件，组织项目立项，提出项目建议，监督项目执行，验收项目成果。
(四)负责申请登记中央地质勘查基金独资项目的矿业权，依法管理中央地质勘查基金投资权益。
(五)负责中央地质勘查基金资金管理。组织编报项目费、组织实施费预算建议，负责预算落实并对各项资金的使用情况进行监督管理。编报和执行本机构年度经费预算。
(六)分析矿产资源勘查国内外市场形势，反映中央地质勘查基金项目实施和管理动态，开展中央地质勘查基金项目和专家数据库建设。
(七)负责办理有关监督、管理国家出资形成的矿业权价款折股股权的事宜。
(八)研究实施国家矿产资源战略储备制度,承办有关矿产地储备的具体工作。
(九)承办国外矿产资源风险勘查专项具体组织实施工作。
(十)承办中央地质勘查基金对省级地质勘查基金的业务指导的具体工作。
(十一)承办财政部、国土资源部交办的其他事项。
根据上述职责，基金管理中心设八个处（室）：
(一)办公室
负责文电、会务、机要、档案等日常运转工作；承担外事、信息、安全保密、信访、新闻宣传工作；具体组织实施政府采购工作，承担实物资产管理工作；负责中央地质勘查基金管理信息化建设。
(二)财务处
负责部门预决算和财务监督管理工作；负责项目预算建议编制和预算的组织落实；负责中央地质勘查基金相关权益处置具体组织实施工作；负责办理国家出资形成的矿业权价款折股股权的具体事宜。
(三)综合处
负责拟定并实施项目规划、计划和相关制度；组织专家评审、综合研究、成果统计和相关数据库建设；负责科技管理、项目监理等业务协调工作；办理中央地质勘查基金对省级地质勘查基金运行管理进行业务指导的具体工作。
(四)项目一处
负责东中部地区地勘基金项目的立项和投资权益、实施、监管、成果验收及项目合同和档案管理等具体工作。
(五)项目二处
负责西部地区地勘基金项目的立项和投资权益、实施、监管、成果验收及项目合同和档案管理等具体工作。
(六)项目三处
负责国外矿产资源风险勘查专项组织实施工作；承办财政部、国土资源部交办的有关国外矿产资源风险勘查专项管理的各项工作。
(七)项目四处
组织开展矿产资源战略储备形势分析和相关研究；协助拟定矿产地储备管理办法、标准、规程；负责矿产地储备具体工作的组织实施。
(八)人事处（党办）
负责人事管理事项，组织实施教育培训工作；按规定承办外聘专家和外派人员具体工作及其绩效评价；负责党群、纪检和精神文明建设工作；负责中心内部审计工作。
国土资源部中央地质勘查基金管理中心人员编制为50名。领导职数为6名。其中，主任1名，副主任3名，总经济师1名，总工程师1名。
(一)国土资源部中央地质勘查基金管理中心实行主任负责制。
(二)国土资源部中央地质勘查基金管理中心经费来源于中央财政补助。
