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全所设有沉积与能源研究室、青藏高原地质研究室、矿产资源室、水文地质环境地质室、技术方法室、分析测试中心6个业务室。分析测试中心通过国家级计量认证,拥有扫描电镜、电子探针、原子吸收仪、阴极发光显微镜、光谱仪、数字旋转磁力仪等大型设备和岩矿分析测试等技术手段。沉积盆地与流体动力学研究开放实验室为部级重点实验室。公开出版的地学专业杂志有《沉积与特提斯地质》(季刊)。