中心成立之初，国家即赋予了其神圣使命，先后承担了保障国防安全、维护国家海洋主权的项目10项，其中包括南太平洋洲际导弹靶场水文气象与地球物理调查（718）项目、我国专属经济区和大陆架精密勘测（126）项目、军事海洋学（703）项目、岛礁测量（317）项目。中心是国家海洋调查研究的一支重要力量，承担了南海北部40年断面调查、热带西太平洋海气相互作用中美联合调查、世界大洋环流调查试验（WOCE）、热带海洋与全球大气－热带西太平洋海气耦合响应实验（TOGA-COARE）、中日副热带环流合作调查研究等诸多大型海洋调查研究项目。2000年之后，中心进入了一个高速发展时期，在2003年～2010年，承担的20余项国家与广东省908项目，成果居于国内同行先进水平。2010年，中心首次承担了南极科研调查项目。近10年，中心承担技术开发服务300多项，对海洋经济建设做出了重要贡献。
