国家 CIMS 工程中心 下属两个研究所（系统集成研究所、制造工程研究所）、一个分中心（快速成形制造分中心）和两个大型实验室，按研究方向分为十个研究室，还设有工程部、培训部、中心办公室。

两个大型实验室是： 信息系统实验室（在清华大学主楼六层）， 制造系统实验室（在清华大学精密仪器系大楼一层）。

十个研究室是： 企业信息化工程研究室、网络化制造研究室、仿真与虚拟制造研究室、现代物流与电子商务研究室、智能优化与控制研究室、 现代设计技术 研究室、 制造装备与控制 研究室、 精密与特种制造工艺 研究室、 制造信息与系统 研究室、 快速成形制造研究室（ 分中心）。

国家 CIMS 工程中心 在国家科技部和清华大学领导下，实行主任负责制。

主 任 ： 吴 澄 （中国工程院院士，自动化系教授）

副主任： 肖田元 （常务副主任，自动化系教授，系学术委员会主任）

汪劲松 （精密仪器系教授， 清华大学副校长 ）

范玉顺 （自动化系 系统集成研究所所长 ，教授）

陈 恳 （精密仪器系 制造工程研究所所长 ，教授）