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土壤生态学主要研究土壤与环境的相互关系以及土壤生态系统本身的结构、功能、平衡与演变规律，土壤资源的保护和利用、土壤污染的综合治理、区域土壤生态系统和农业区划、农田建设，以及整个土壤生态系统与整个自然环境的平衡和协调等问题。
