特定真菌菌丝与植物根联合组成的共生体。菌根可分为外生菌根和内生菌根两类。外生菌根指真菌菌丝只穿入高等植物根组织的外皮层细胞间隙，露在根外的真菌菌丝则形成鞘包。受侵染的根分支增加，形成较多的侧短根。内生菌根由真菌菌丝穿入高等植物根组织的皮层细胞内形成，并有菌丝向根外生长和伸入土壤中。菌根中伸出根外的菌丝具有与植物根毛相似的吸收能力，其伸长范围常超过根毛，扩大了植物根对营养元素的吸收面。

特定真菌菌丝与植物根联合组成的共生体。具有这种能力的真菌称菌根真菌或菌根菌。已知能在根部形成菌根的植物有2000多种，包括草本植物和木本植物。能在植物根部形成菌根的真菌种类也很多，分属于藻菌、子囊菌、担子菌和半知菌亚门。

根据生物学特征，菌根可分外生菌根和内生菌根两类。外生菌根指真菌菌丝只穿入高等植物(主要是林木)根组织的外皮层细胞间隙，露在根外的真菌菌丝则形成鞘包。受菌根菌侵染的根分支增加，形成较多的侧短根。此类菌根菌多属担子菌亚门；亦有少数属子囊菌亚门和接合菌亚门。能形成此类菌根的林木主要有松科、桦树科和山毛榉等树种。内生菌根由真菌菌丝穿入高等植物根组织的皮层细胞内形成，并有菌丝向根外生长和伸入土壤中。有些内生菌根真菌的菌丝侵入根组织的皮层细胞后,菌根末端在根组织细胞内反复分枝,形成类似寄生真菌吸器的丛状枝；在细胞间或细胞内的菌丝顶端则常形成囊状的泡囊。这类菌根称为泡囊－丛枝状菌根，简称VA菌根,分布很广，且对植物种类无严格的选择性,从只具有原始维管束的低等植物到高等植物都可形成。VA菌根的菌根菌属藻状菌中的内囊霉科。

菌根中的菌根菌伸出根外的菌丝具有与植物根毛相似的吸收能力。由于其伸长的范围常超过根毛，菌根实际上起了扩大植物根对营养元素的吸收面的作用，对于增大植物对在土壤中迁移缓慢的磷以及铜、锌等营养元素的吸收量,尤有意义。一些菌根化植物(指不与相应的真菌共生便不能正常生长的植物)在新区生长时,常因土壤中缺少相应的菌根菌不能形成菌根而影响生长，可用相应菌根菌的纯培体接种加以改善。菌根化植物对重金属的毒害、根部病菌的侵染以及干旱、高温、高含盐量和不适宜的土壤酸碱度等都有较大的耐性。现外生菌根中的某些菌根菌已可通过人工培养基扩大繁殖；但内生菌根的菌根菌和一部分外生菌根的菌根菌还不能在人工培养基上培养，而只能通过植物根部富集扩大。