在农田生态系统中影响土壤质量的主要途径有以下几个方面
一、土壤耕作。合理的土壤耕作使农业实现增产增收，不合理的土壤耕作会加剧土壤退化，导致土壤质量的下降。比如，坡耕地采取坡改梯措施可有效地防止水土流失，豆科作物轮作、绿肥轮作能够改善土壤结构、提高土壤肥力。
二、灌溉。不合理的灌溉将会造成水资源浪费、土壤盐演化、土壤重金属污染，对土壤质量带来不利的影响。
三、施肥。化肥的不合理施用将会造成农产品品质下降、地下水污染、水体富营养化、温室气体释放等，不可避免地导致土壤质量下降。
四、农药。过量地不合理施用农药，不但杀死了土壤中的有害生物，而且也杀死了土壤中的许多有益微生物，同时造成土壤残留，降低土壤生产力和农产品质量。
五、地膜。农业生产中使用的地膜基本上是不可降解地膜，其覆盖面广、厚度过薄、易破碎、残留量较大，在土壤中不易腐烂，污染范围大。
