在我国，大型水电站往往多是国家水利部的下属企业，除了拥有正常的企业职能外，还肩负一部分事业单位职能，拥有一部分公益性任务。因此，大型水电站往往存在着政企分开不明显的问题。在分配体制和人事体制方面，由于水电单位在机构、人员、资产等方面与企业难以实现明确的政企分离，在管理体制和管理机制上我国大型水电企业在某种程度上也往往对于事业单位过于依赖。随着我国水电行业改革，大型水电站在人员工资分配体制和机制及相关用人制度等方面进行了多次改革和调整。但是改革效果一直不突出，大型水电企业没有建立与市场经济体制相配套的各种制度，且相关的约束机制和激励机制没有建立起来，且在很多情况下，电力调度和水利调度的矛盾比较突出。

在我国大型水电站的内部管理机制和内部控制机制建设等方面，水电厂代理集团公司往往对管理职能进行行使和支持，但是，我国每年的水电建设项目比较多，因此，水电厂代理集团公司的管理任务非常的繁重，生产任务也比较多。但所承担的管理任务与管理权限又不相适合。因此，在管理意识、管理权限和服务意识上存在很多问题。