“可燃冰”的开发既复杂又相当危险。 在天然气水合物开采过程中如果不能有效地实现对温压条件的控制，就可能产生一系列环境问题，如温室效应的加剧、 海洋生态的变化以及海底滑塌事件等。
因为天然气水合物是在低温高压下形成的，一旦脱离地下或洋底，便迅速气化。 长期禁锢在洋底的天然气水合物像被打开的潘多拉魔盒一样，大量释放甲烷气， 其猛烈程度可能导致海床崩塌或者其他灾害，这是十分危险的。 因此，美国地质调查所发出这样的警告：“开发可燃冰必须谨慎从事，免酿后患。 ”
天然气水合物在给人类带来新的能源前景的同时，对人类生存环境也提出了严峻的挑战。天然气水合物中的甲烷，其温室效应为CO2的20倍，而全球海底天然气水合物中的甲烷总量约为地球大气中甲烷总量的3000倍，若有不慎，让海底天然气水合物中的甲烷气逃逸到大气中去，将产生无法想象的后果。而且固结在海底沉积物中的水合物，一旦条件变化使甲烷气从水合物中释出，还会改变沉积物的物理性质，极大地降低海底沉积物的工程力学特性，使海底软化，出现大规模的海底滑坡，毁坏海底工程设施，如：海底输电或通讯电缆和海洋石油钻井平台等。
众所周知， 世界上有一些空难、 海难高发海域，被人们誉为“魔鬼海域”，譬如百慕大三角区。尽管存在异议，20 世纪 80 年代，美国、加拿大、前苏联科学家联合考察后的结果认为，造成这些海域灾难的凶手是海底天然气水合物。 以固态形式存在于海底的天然气水合物， 一旦温度升高或压力降低便分解、 气化， 并溢出海面到空气中。 大量气泡必然使海水密度降低，浮力减小，过往船只会因浮力不足忽然沉入海底。 而穿越此海区的飞机， 也因为灼热尾气引燃冒出洋面的天然气而烧毁。
天然可燃冰呈固态， 不会像石油开采那样自喷流出。 如果把它从海底一块块搬出，在从海底到海面的运送过程中，甲烷就会挥发殆尽，同时还会给大气造成巨大危害。
