长期以来由于森林砍伐、火灾以及群众采摘花蕾入药、践踏林地等使得天目木兰的生境受到严重破坏，加上其生长缓慢，结实率小，种子发芽率低，自然更新能力弱，林下几无实生苗，从而天目木兰植株量越来越少。除了来自人类的直接干扰破坏和类群的进化历史以及生态环境因子的影响外，天目木兰生存环境狭窄的斑块状小居群分布增强了遗传漂变和自交衰退的影响，不同局部居群之间个体由于地理位置的间隔产生了生殖屏障，阻断了居群之间的基因交流，导致了珍稀濒危植物居群遗传变异水平下降，最终降低居群的适应环境的生存能力，从而严重影响到其居群的生存和发展。
国家二级保护渐危种。 浙江西天目山已划为自然保护区，本种又处在核心区范围。杭州植物园早在50年代中期进行了引种，生长良好，已开花结实。2100433B
