根据上述职责，市水利局设6个职能科室，市人民政府防汛防旱指挥部办公室设在市水利局。

办公室

综合协调局机关日常政务;负责文电、会务、机要、档案、信息、保密、保卫、信访、政务公开、宣传、后勤保障和机关规章制度建设工作;拟订水利工作的政策，制定重点课题调研计划并组织实施；组织办理人大代表建议和政协委员提案；依法承担水利行业安全生产工作；负责局机关及直属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、教育培训等工作；负责直属单位的党群工作；组织专业技术人员职称评定工作；指导全市水利系统队伍建设和精神文明建设；负责局机关并指导直属单位离退休人员的服务管理工作。

计划财务科

负责拟订水利发展中长期规划和重点水利基建项目建议书、可行性研究报告的立项申报工作；负责市级水利投资计划管理工作，提出市级有关水利财政性资金安排意见；组织水利规划中期评估和水利项目后评估工作，承担水利综合统计工作；编制市级水利部门预算，指导、监督市级水利资金和直属单位国有资产管理，制订财务规章制度；负责机关财务工作，负责水利行业财务会计管理，指导直属单位财务管理工作，组织审计直属单位经济活动情况。

监察室

协助党委加强党风廉政、勤政建设，纠正行业不正之风；监督检查局系统党员干部、监察对象执行党和国家路线、方针、政策情况；廉政建设责任制落实情况检查；负责开展廉政教育；受理检举控告，查处违法违纪问题等；承办市纪委交办的其他工作。

水利工程科

负责水利工程的建设与管理；组织重点水利工程项目可行性研究、设计的审核并参加验收;协调参与“三江”流域的治理工作；负责全市河道及小流域建设、整治和管理；负责小型农田水利工程的规划指导检查监督工作；负责水利工程建设项目和水利建设市场的监督管理；负责小（二）型以上水库控制运行计划审核、审批以及水库新建、续建、除险加固技术方案指导监督；负责水利设施、水域及其保护范围的管理与保护；参与全市水利基建项目建议书、可行性研究报告、初步设计和施工图的审查、审批；负责滩涂资源的保护和管理，负责滩涂围垦和标准海塘建设项目审查并监督实施;组织水利科学研究和技术推广工作；负责工程技术资料、档案管理、整编工作；负责指导全市水利工程应急抢险；负责全市水利规划与计划，组织项目审查；负责对所属单位工程技术人员进行业务培训和指导；负责相关中介机构的行业管理。

水政水资源科

（行政审批科、水土保持科）

负责全市水资源的统一管理和保护工作；负责拟订水资源保护规划，提出水功能区划分和水域排污控制的意见，组织实施取水许可制度和水源费征收及其他规费收缴工作；指导节约用水工作；负责水工程及河道的保护监察工作；负责全市水土保持工作，编制水土保持规划，负责有关建设项目水土保持方案的审核并监督实施，负责水土保持设施的验收工作；负责水行政执法、水法规宣传和普法工作，组织培训水政监察人员和监督员；协调和处理水事纠纷，查处重大涉水违法事件；负责水行政审批工作。

市人民政府防汛防旱指挥部办公室

承担市人民政府防汛防旱指挥部的日常工作；组织、协调、监督、指导全市防汛防台抗旱工作，组织编制市防汛防台抗旱应急预案；负责全市汛情、旱情、灾情统计和发布，指导、监督防汛演练和抗洪抢险工作；负责对重要江河和重要水工程实施防汛抗旱和应急水量调度；指导防汛抗旱突发公共事件的应急管理工作；负责防洪保护区的洪水影响评价工作；组织、指导全市防汛抗旱信息系统和报警系统的建设，做好防汛防旱信息的传递；落实本部门并指导、监督各镇（街道）、相关部门防汛抗旱物资的储备管理，负责协调全市防汛抗旱物资和队伍的调用；组织防汛抗旱工作的检查，做好汛期值班工作；管理全市水文工作；承办市人民政府防汛防旱指挥部交办的其他工作。