据2018年5月研究院官网显示，研究院拥有1个安徽省重点实验室、1个安徽省工程技术研究中心、1个安徽省试验中心站、1个合肥市工程技术研究中心、4个水利部和安徽省水利厅挂靠单位、5个检测机构，设有10个院研究所、5个科研基地、4个院属科技公司。
安徽省重点实验室：水利水资源安徽省重点实验室
安徽省工程技术研究中心：安徽省水利工程病害防治工程技术研究中心
安徽省试验中心站：安徽省灌溉试验中心站
合肥市工程技术研究中心：合肥市建筑工程诊治工程技术研究中心
挂靠单位：水利部科技推广中心安徽省推广工作站、安徽省水利科技推广中心、安徽省水利厅农田水利技术服务中心、安徽省水利厅水资源管理技术服务中心
检测机构：淮海流域水工程质量检测中心、安徽省建筑工程质量监督检测站、安徽省水利工程质量检测中心站、安徽省水利厅闸坝安全检测中心、安徽省建筑工程质量监督检测站司法鉴定中心
院研究所：岩土研究所、结构材料研究所、水工河工研究所、农村水利研究所、水文水资源研究所、勘察设计研究所、水利信息与自动化研究所、工程检测研究所、水土保持与水生态研究所、水利建设与管理研究所
科研基地：新马桥农水综合试验站、五道沟水文水资源实验站、梅山高速水流试验室、淮河试验研究中心结构材料实验室、土力学实验室
院属科技公司：安徽省大禹工程建设监理咨询有限公司、安徽科源工程建设招标代理有限责任公司、安徽恒丰智能自动化有限公司、安徽省大禹工程勘测设计院
据2018年5月研究院官网显示，全院共有职工327人，科技人员占84%，其中教授级高工31人，高工89人；博士8人，硕士76人；安徽省学术技术带头人及后备人选5人；水利部5151人才2人；安徽省杰出专业技术人才1人；享受政府特殊津贴专家18人；各类国家、行业注册工程师137人；国家青年科学基金获得者2人。
教授级高工：崔德密、虞邦义、宋新江、吕列民、武锋、王发信、王振龙、黄祚继、王久晟、张今阳、杨兴菊、沈敏、汤广民、赵殿信、彭建和、袁先江、毛世民、吴世余、周鸿逵、金光炎、童慧生、陈先朴、王学功、叶乃杰、史鸿林、路观平、葛孝椿、西汝泽、郑三元
享受国务院特殊津贴人员：路观平、金光炎、毛世民、吴世虞、胡积林、潘绍龙、叶乃杰、虞邦义、王发信、许浒、王振龙、陈先朴、蒋杏春
水利部5151人才：虞邦义、王振龙
据2018年5月研究院官网显示，研究院试验室面积近10000平方米，主要仪器设备800余台套。
