发展思路：认真履行公益类研究机构的职责，始终坚持“科研立院、人才强院、经营兴院”的发展宗旨；牢牢抓住“着力研究解决治淮和安徽水利发展战略性、全局性、前瞻性、基础性的科学技术问题和水利工程关键技术问题”两个重点，为治淮和安徽水利改革与发展、行业宏观决策提供科技支撑；正确处理好“公益性研究与开发性研究，先进技术引进与自主创新，水利科研、科技服务与水利发展”三方面的关系，力争实现“水利科研广度与深度，科技服务数量与质量、水平与效率，创新型科技人才的引进与培养”四个突破。
发展目标：建设现代创新型省级及淮河流域水利行业综合性科研中心，通过科技创新能力、科研水平、科技成果、科技管理的不断突破和科技服务、科技开发、经济创收不断跨越，经过10年—15年的努力，建成一批省内一流、国内具有重要影响的优势和特色学科领域，建设一批国家级、省部级创新基地和载体，承担一批有影响的国家级、省部级科研项目，造就一批科技领军人才，研究出一批高水平的科研成果，全面提升科技服务于水利建设和经济社会发展的能力，为水利事业的改革与发展作出积极贡献。
