(一)办公室(行政审批办公室)。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、财务、综治、信访、政务公开、新闻宣传等工作。承担有关行政审批事项的办理与组织协调工作。

(二)规划计划处。拟订全省水利发展战略、中长期发展规划和年度计划，组织编制全省重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重大水利基建项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施中央及省水利建设投资计划，承担水利统计工作。

(三)政策法规处。起草相关地方性法规规章草案，拟订水利工作的政策并监督实施。指导水行政许可工作并监督检查。承办厅行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨市水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。

(四)财务审计处。编制部门预算并组织实施，承担财务管理、资产管理和内部审计工作。组织提出中央及省水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。

(五)人事处。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，指导水利行业人才队伍建设。承办机关和直属单位的外事工作。承担水利体制改革的有关工作。

(六)水资源管理处。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理以及河湖水系连通工作。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布全省水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。

(七)节水调水处(全省节约用水办公室)。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施，组织指导大型调水工程前期工作，指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。

(八)水利工程建设处。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险如固。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。

(九)运行管理处。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。

(十)河湖管理处。指导水域及其岸线的管理和保护，指导江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。

(十一)水土保持处。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，按规定承担有关建设项目水土保持方案的审查并监督实施。

(十二)农村水利水电处。组织开展大中型灌排工程建设与改造。指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利社会化服务体系建设。

(十三)监督处。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。指导全省水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。

(十四)水旱灾害防御处。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。

(十五)河长制工作处。承担河长制有关指导协调、制度制定和督查考核等具体工作，负责省河长制办公室日常工作。

(十六)科技与信息化处。组织重大水利科学研究、技术引进、技术推广和科技交流工作。拟订水利行业技术地方标准、规范规程并监督实施。指导全省水利信息化规划、建设、管理工作，承担水利信息化建设相关工作。

机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。

离退休工作处。负责机关离退休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。