根据上述职责，市招投标管理办公室设3个内设机构：

（一）综合科

负责机构编制、人事、财务、文秘、安全保卫、后勤、资产管理、档案管理等工作；负责对工程建设项目招投标信息的统计、收集、整理、上报；负责对本单位计算机管理系统的维护和管理。

（二）管理科

负责起草我市政府投资工程建设项目招投标管理制度、操作办法、实施细则，审核特殊工程的评标办法。负责对工程建设项目招投标工作流程管理。负责对招投标中心项目审查意见的审核备案，对招标控制价（最高限价）、工程各分部分项费用最高限值的审定备案。负责对工程建设项目发包方式、招标组织形式的审核批准。监督指导招投标中心信息发布工作。负责向上级对口部门报送工程建设项目招投标信息。负责对施工企业预选库、中介机构预选库的管理。负责对工程建设项目评标专家库的建设管理，组织评标专家培训。负责对招标代理机构、标底编审单位及其从业人员、评委的日常考核评价管理。

（三）监督科

负责对我市政府投资工程建设项目招投标活动的监督、检查。监督开标、评标工作。负责对工程建设项目招投标市场的检查。负责受理工程建设项目招投标的投诉、举报，协调处理争议和纠纷，协同有关部门开展调查。负责工程建设项目施工合同的跟踪管理。