根据上述职责，县水利水产局设7个内设机构：

办公室(人事股)

协助局领导组织机关日常工作，承办局会务和局长办公会议事项；对各股室工作进行综合协调；负责起草局机关主要文件、报告和总结；负责统计年报；负责重大会议的组织；负责秘书、宣传、政务信息、公文、档案、保密、地方志、信访和内部规章制度建设；负责人大议案、政协提案的答复和办理；负责机关安全保卫、环境绿化、车辆调度等机关后勤行政管理工作。负责局机关计划生育、社会治安综合治理、政务公开、新闻发布工作。指导、组织全县水利信息化建设与管理工作。负责局机关思想政治工作和精神文明建设;负责局机关和所属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育工作;负责水利体制改革的有关工作；协助老干部、党的建设、纪检监察等工作；负责全县水利水产系统公益性项目服务技术指导和行业管理，编制本行业农村公益性服务项目指南。

规划计划与财务股

拟订全县水利、水产、水保和农村水电及电气化建设发展战略和中长期发展规划，组织编制全县水利综合规划、专业规划和专项规划及水利、水产、水保和农村水电及电气化建设年度计划。审核县管和县重点水利水产建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；组织实施水工程建设项目合规性审核工作；监督实施水利水产行业技术标准、规程规范；组织实施重点水利水产科学研究、技术引进和科技推广；组织编制县水利部门预算；承担局机关并指导所属单位的财务管理工作；承担县水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷、财务等调节建议；组织筹措水利建设资金，对水利、水产、水保和农村水电及电气化建设资金的使用进行宏观调节；负责全县水利、水产、水保和农村水电及电气化建设工程的竣工决算和财务移交；负责全县水利、水产、水保和农村水电及电气化建设规费使用和监管；负责全县水利、水产、水保和农村水电及电气化建设事业经费的使用及管理；负责全县水利水产系统国有资产的监督管理；负责机关财务管理；编制年度财务收支计划，按时完成报送有关统计报表及年报工作。

水利股

(建设及水库管理股、县农村饮水安全工程建设管理办公室、水土保持股)

组织实施全县农田水利基本建设，组织指导农村节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；承担灌区归口管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设；贯彻落实中央和省有关农村饮水安全的方针政策，归口管理全县农村饮水安全工程建设；负责组织编制全县农村饮水安全工程建设与管理总体规划；组织编制农村饮水安全工程项目规划、可研报告和初步设计，拟订工程建设计划并组织实施；组织实施全县农村饮水安全工程建设工作。

指导、组织水利工程建设管理，组织实施水利工程质量管理。承担全县水库管理工作，组织审批水库运行调度规程并监督实施，组织实施水库大坝注册登记、大坝安全鉴定和蓄水安全鉴定工作；组织实施水库除险加固。

承担全县水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。

水政水资源股

推进全县水利水产行业依法行政工作；承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；负责水质的监测调查和评价；协调水事纠纷；指导水政监察和水行政执法；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导、组织水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划工作；指导城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作；组织指导入河排污口设置工作；组织指导计划用水和节约用水工作。

安全生产监督股

承担全县水利水产行业安全生产监督工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利水产工程安全监督；组织开展县管水利水产工程建设项目的稽察工作；指导、组织水利水产建设市场的监督管理和信用体系建设；对水库除险加固进行监督检查。

农电股

负责全县水能资源开发利用和农村水电开发项目管理工作；负责水能资源调查评价工作，编制全县水能资源及流域水能资源开发规划并进行审查申报；组织和实施水能资源开发项目技术审查、建设监督；负责全县水电国有资产经营管理和保值增值工作；负责水电农村电气化、小水电代燃料和增效减排工程的规划编制、建设管理、验收等工作；指导水能资源开发项目质量和安全工作，参与重大事故调查。

水产股

贯彻实施《渔业法》，负责全县渔业资源保护和开发利用；查处重大渔业纠纷案件和污染案件，维护渔业生产秩序，保障渔业生产经营者的合法权益；负责全县水生野生动物保护、繁殖及自然保护区规划、建设和管理；编制全县渔业发展中长期规划、年度指导计划，负责全县水产统计工作；负责全县水产科技普及和推广体系建设，负责全县渔业对外经济技术合作、交流和外援项目的引进和管理；指导塘堰、水库、河流等水面的综合开发利用，指导全行业综合经营。

机关党组织、纪检监察机构、工会等按有关规定设置。