一些地方的领导存在重视建设、轻视管理的现象。小型水电站的管理工作较为混乱，有的甚至于把根本没有机电基本知识的人员安排到电站值班，且值班人员随时变动，很不固定，造成事故的不断发生，严重影响社会效益和经济效益。

为了管好小型水电站，水电站必须建立和健全精干的管理机构，确定懂业务的专管人员及通过各种渠道培训的管理职员，从事各项管理工作。这是提高运行水平，避免事故，确保安全的组织保证。管理机构的设置应本着“实用精简”的原则，应根据小型水电站规模来确定。管理人员要相对稳定，以便在实践中积累经验，增长才干，不断提高管理水平。

运行班组是小型水电站最基层组织，直接在生产岗位上，班组人员配备的好坏，直接影响水电站的安全、经济运行。工作班次以及班组人员配备的确定，应根据水电站的规模、组台数、容量大小、电压高低、自动化程度和技术力量而定。一般来说，小型水电站大多是二班制或三班制。单机在500kW以下的低压机组（发电机出线电压400V），每台机组需配备1~2人（只有一台机组的水电站应配备2人）；对于500kW以上的高压机组，班组人员应适当增加。每班应设值班长，以负责领导班内的全面工作。

单独运行供电的小型水电站，应配备一个外线班，人员应根据输电容量、输电距离以及输电电压来确定。外线班主要担负输电线路的检查和维修。

较大的水电站，除运行班组外，还应设一个检修班，以负责电站内外机、电设备的日常维护、维修和保养。