办公室
协助领导组织协调机关日常工作；负责机关文秘、档案、信息、信访、保密、保卫、督办、有关综合性材料的起草、重要会议的组织等工作。
政策法规处
研究拟定有关土地资源、矿产资源和测绘管理的政策、法规和规章；组织协调厅内有关立法工作；组织开展有关法律法规的宣传教育；承办有关行政复议事宜；负责土地资源、矿产资源和测绘管理的综合性政策调研和拟定工作。
规划处
组织研究全省国土综合开发整治的政策措施，编制全省国土规划、土地利用总体规划、矿产资源保护和合理利用规划、地质环境规划、测绘工作规划；拟定全省土地供应政策；指导和审核市、县（市、区）基本农田保护规划、土地复垦规划、土地整理规划、未利用土地开发规划等专项规划和土地利用总体规划；参与报国务院和省政府审批的城市总体规划的审核工作。
财务处
承担国家和省财政拨给的遇、测绘事业费及其他专项资金的管理工作；对各项行政事业性收费进行监督管理；对矿产资源补偿费征收和使用进行监督；负责厅机关财务和国有资产管理，监督管理直属单位国有资产。
耕地保护处
拟定耕地特殊保护、鼓励耕地开发、农地保护、土地整治、农田转用、未利用土地开发、土地整理、土地复垦和开发耕地的政策、法规并组织实施；组织实施农地用途管制和实施基本农田保护；承办省政府和报国务院批准的农地转用、征地和土地开发的审查、报批工作；监督实施占用耕地补偿制度。
地籍管理处
贯彻实施国家有关地籍管理办法；拟定土地调查、动态监测、地籍调查和统计的技术规范、标准并组织实施；组织土地资源现状调查、动态监测、地籍权属调查、变更调查及统计；拟定土地确权、登记、发证和权属纠纷调处规则和权属管理办法，承担调处重大土地权属纠纷；负责土地确权和土地登记、发证管理工作。
土地利用管理处（挂集体土地管理处牌子）
组织实施土地使用权出让和土地市场、土地资源管理的法规、规章；拟定乡（镇）村用地管理办法；指导农村集体土地和地管理；指导农村集体非农土地使用权的流转管理；指导基准地价、标定地价评测；审核国有土地使用权的处置方案；指导审核评估机构从事土地评估的资格，确定土地使用权价格。
征地管理处
负责农用地转用、土地征收征用的审查、报批、公告、核查工作；负责国家和省重大建设项目用地前期工作；拟定区域性征地补偿标准以及被征地农民安置政策。
矿产开发管理处
依法进行采矿审批登记发证和采矿权转让审批登记；依法调处有关采矿争议、纠纷；审核采矿权评估机构资格和中型以下采矿权评估结果；依法进行矿产资源开发、利用与保护的监督管理，依法征收矿产资源补偿费。
矿产资源储量处
组织实施矿产资源储量管理办法、标准、规程、规范；负责省矿产资源储量评审专家系统的建设；承担矿产资源储量管理和地质资料汇交管理工作；负责全省占用、压覆矿产资源储量的审核和矿产资源供需形势分析及政策研究；参与审核开办矿山立项报告；审核矿山闭坑地质报告。
地质环境处
贯彻实施国家地质遗迹等地质资源和地质灾害管理办法；组织编制和实施滑坡、崩塌、泥石流、地面沉降与塌陷等地质灾害防治和地质遗迹保护规划并对执行情况进行监督检查；组织协调重大地质灾害防治；指导地质灾害和地下水动态监测、评价和预报；组织认定具有重要价值的古生物化石产地、标准地质剖面等地质遗迹保护区，组织保护地质遗迹和地质灾害防治。
地质勘查处
组织实施地质勘查工作标准、规程、规范；组织矿产资源调查评价，编制地质勘查规划并对执行情况进行监督检查；依法进行勘查审批发证和探矿权转让审批登记；审核对外合作勘查、开采区块；依法调处重大地质查争议、纠纷；审查监督矿权评估机构资格，组织确认探矿权评估结果。
基础测绘处 编制并组织实施全省测绘工作发展规划、计划；组织实施全省基础测绘、行政区域界线测绘、地籍测绘和其他重大测绘项目；管理全省基础地理信息数据，组织指导基础地理信息社会化服务；管理全省测量控制系统和测绘标准化工作；负责全省测绘航空摄影、遥感测绘的协调、管理工作。
测绘行业管理处 拟定测绘法规、规章并组织实施；负责全省测绘资质、资格管理；依法审核对外提供的测绘成果；负责涉外测绘监管工作；负责全省测绘成果汇交和测绘任务登记；管理地图编制工作；审核地名在地图上的表示和向社会出版、展示的地图；负责全省测绘成果质量的监督管理；指导保护全省测量标志。
执法监察局
组织开展土地资源、矿产资源和测绘管理法律、法规执行情况的监督检查；拟定土地、矿产、测绘执法监督和违法案件查处规定，组织开展对土地规划、农地转用、土地征用、土地资产处置、土地使用权交易行为的监督检查；依法组织查处重大土地、矿产、测绘违法案件。
科技与外事处
拟定国土资源、测绘科技和对外合作交流规划、计划；组织重大科技项目实施和监督检查；推进科技成果的转化和推广应用工作；负责全省土地、矿产、测绘对外合作交流；协调、处理有关涉外事宜。
人事处
负责厅机关和直属事业单位的人事、劳动工资管理工作；组织指导本系统干部的教育培训工作。
机关党委
负责厅机关和直属单位的党群工作。
离退休干部处
负责厅机关离退休干部管理服务工作，指导直属单位离退休干部管理服务工作。
纪检监察室
负责厅机关和直属单位的行政监察、纪检工作，抓好本系统的党风廉政建设工作，研究制定本系统惩治和预防腐败体系的意见和办法。
· 机关服务中心
· 信息中心
· 山东省国土测绘院
· 山东省地质调查院
· 山东地质环境总站
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· 土地市场整顿办
· 矿业秩序整规办
· 土地调查办
· 山东测绘学会
