根据上述职责，崇州市城乡规划管理局内设5个机构：

（一）崇州市城乡规划管理局办公室

负责工作目标、文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、综治、政务公开、后勤保障等工作；负责办理人大代表建议和政协委员提案；负责局机关的财务和固定资产管理工作，监督管理局机关及所属单位的财务和固定资产管理工作；负责局机关及所属单位的党务、纪检监察、人事管理、队伍建设、机构编制、离退休人员管理等工作。

（二）崇州市城乡规划管理局法规科

负责有关规范性文件的合法性审核；负责行政执法监督、听证、行政复议、行政诉讼、行政调解等工作；规范有关公示、公告、公布行为等涉法事务；指导规划、测绘和地理信息管理法制工作；拟订建筑工程规划核实验收管理办法；负责城乡建筑工程项目和市政工程的规划核实验收，核发《建设工程规划合格证》；负责建筑工程项目审批后的监督和违法建设查处工作；负责督察乡（镇）城乡规划的制定和实施工作；负责督察市级相关部门城乡规划落实情况；负责督察督办乡（镇）查处违法建设和纠正违法行为的执行情况。

（三）崇州市城乡规划管理局城乡规划编制科

组织编制、修编和审查报批控制性详细规划、相关专项规划和城市设计；组织编制或者会同行业行政主管部门组织编制相关专项规划并审查报批；组织编制、调整、修订崇州市城市总体规划；组织、指导编制城区以外的城镇路网规划；负责审查报批市域城乡总体规划、城市总体规划、重点镇总体规划；负责审查报批风景名胜区、旅游区总体规划和历史文化名城（镇）保护规划；会同行业行政主管部门组织编制中心城区以外市级专项规划；制定一般乡（镇）和村规划编制规则，指导一般乡（镇）总体规划的审查工作；负责全市历史文化名村规划的审查、报批工作；承担市规划委员会办公室的日常工作。

（四）崇州市城乡规划管理局城乡规划管理科(挂行政审批科牌子)

研究制定规划管理相关工作制度、规则；负责规划管理综合协调工作；负责规划技术规定的管理工作；负责建筑项目规划条件和方案的管理工作，核发《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》和《乡村建设规划许可证》；负责提出省级以上立项项目的选址建议；负责省级以上立项项目的选址意见办理和转报工作；指导协调全市乡（镇）、村规划管理工作;指导监督全市乡（镇）规划管理所建设和职能运行工作；归口协助管理乡村规划师。

（五）崇州市城乡规划管理局市政测绘管理科(挂崇州市测绘管理办公室牌子)

负责城区市政工程的规划管理；组织编制、修编市政专项规划；牵头负责重大建设项目交通影响评价方案评审；指导乡（镇）市政工程规划管理工作；负责全市测绘和地理信息管理工作；会同有关部门编制市级基础测绘规划和年度计划并组织实施；负责对使用财政资金的测绘项目和建设工程测绘项目提出立项意见；依法监督管理全市测绘和地理信息成果质量和利用；负责全市测量标志的保护管理工作；依法对地图和地图产品实施监督管理；指导全市规划信息管理工作；承担市测绘管理办公室的日常工作。