炼化一体工业废水中的污染物大部分来自于未利用的原料、产品以及产品的辅料，和生产过程中形成的副产品、原料中的杂质等。污染物排放与生产工艺关系密切，在生产过程中推行清洁生产，逐步实现原料无害化、过程清洁化，既可减污又可增效。具体的可通过原辅料优选、生产工艺优化升级、加强生产管理和优化反应条件，提高原料利用率和产品回收率等措施，有效减少废水中有机污染物的含量，实现源头减排。
原辅料的质量直接影响产品的产率和污染物的生量。如果原材料含有过多的杂质，生产过程中就会产生一些不期望的产品，既无法充分利用原料，又增加了污染物处理负担。原辅料的种类也与生产过程中污染物对环境影响程度有很大相关性。例如 BASF 公司开发出以丙醛和甲醛为原料生产甲基丙烯酸的技术，代替使用剧毒的氢氰酸为原料，一定程度上减少了对环境的危害，同时减轻了末端治理的负担。对于某种特定产品来说，原辅料的选择由多种因素决定，在考虑经济因素的同时还需重视环保因素。选择原辅料应以绿色安全为出发点，减少有毒有害原料使用，尽可能采用优质、可降解原辅料。
生产工艺的选择不仅关系到产品产量与质量，而且还会影响生产过程中副产物与污染物的产生。近年来一些绿色工艺的开发已着眼于污染物的“零排放”，如 EniChem 公司采用钛硅分子筛催化剂，将环己酮、氨和过氧化氢反应，直接合成环己酮肟，环己酮肟转化率达 99. 9% ，选择性为 98. 2% ，与现有工艺相比减少了污染物产生量。炼化一体企业采用先进技术，改进生产工艺和流程，淘汰落后的工艺路线和生产设备，选用少废无废工艺和高效设备，既有利于合理利用资源、提高资源利用水平，又可以保护环境和防止污染。
经验表明，强化运行管理可削减 40% 污染物的产生。加强运行管理的内容包括：安装必要的高质量监测仪表，加强计量监督，及时发现问题； 加强设备检查维护、维修；建立有环境考核指标的岗位责任制与管理职责，防止生产事故； 完善可靠详实的统计和审核； 加强工艺参数控制，确保参数正常，优化装置运行； 完善工艺操作规程； 加强员工培训，制定环保考核制度。
石油化工行业是高能耗、高污染行业，从源头控制可以有效减少污染物的产生，但是不可能完全实现废水的“零排放”。在不可避免产生的废水中，一部分经适当处理后可以回用到其他生产装置； 一部分含高浓度有毒有害污染物需要针对性预处理，以防废水排至综合污水处理厂后对后续生化处理造成冲击。
