根据上述职责，广州南沙开发区建设和管理局设3个内设机构：

（一）城市建设处。

负责政府统筹投资项目建设的监督检查与协调管理，督促有关单位实施年度城建计划；负责供气、供热、公共交通、供电、通信等公用事业的管理、监督和协调；负责协调、检查、督促区内港口、航道、供电等重点建设工程项目的实施；参与审查重大工程建设项目和城市基础设施项目的工程方案和初步设计方案。

（二）建设市场处。

负责执行建筑业行业管理、规范建筑市场各方主体行为的规章制度；负责工程施工许可管理；负责有形建筑市场建设和监督管理，负责建设工程项目的招标投标和工程造价监督管理；负责建筑市场信用体系建设；参与区内投资企业筹建的有关工作；负责或参与工程建设领域清欠工程款或工人工资的协调处理；负责建筑工程管理统计工作；负责民用建筑节能的监督管理和建设领域新技术推广、新型墙体材料及散装水泥推广使用工作；负责工程建设勘察设计行业管理工作；负责房地产开发建设行为的管理工作，核发房地产开发企业资质；组织指导推进村镇建设，参与中心镇建设工作。

（三）工程质量安全处。

负责拟订建设工程质量和安全文明施工管理的规章制度并监督执行；负责建设工程质量、现场安全生产、文明施工的监督管理和应急管理；负责建筑施工企业安全生产许可的监督管理；负责建设工程竣工验收备案等管理工作；组织或参与工程质量、安全事故的调查处理；负责工程检测行为的监督管理；负责工程现场建筑机械设备安全使用的监督管理；负责建筑施工阶段节能的监督管理和建设项目节能验收管理；指导建设工程评优工作。