根据上述职责，广州市越秀区建设和水务局设7个内设机构。

（一）广州市越秀区建设和水务局办公室。

负责文电、会务、机要、档案、信息、保密、维稳、信访、修志、政务公开、资产管理等机关日常工作；负责办理人大议案和政协提案；负责局计算机管理开发等信息化工作；负责城建固定资产投资统计上报；负责依法治区和普法教育的有关工作。

（二）广州市越秀区建设和水务局市政建设管理科。

负责制定全区市政设施更新改造和市政设施维护经费年度计划并组织实施；组织查处违反市政设施建设和管理的违章违法行为；组织制定市政行业的科技发展规划和科技项目攻关，指导技术改造和推广应用科技成果。

（三）广州市越秀区建设和水务局建筑开发管理科。

配合市进行房地产开发项目手册管理，负责房地产开发项目手册年检的初审；负责相应工程的施工图设计文件审查备案及竣工验收备案；负责办理拆除建（构）筑物工程安全资料备案；参与辖内工程建设重大质量、安全事故的调查与处理；负责建筑起重机械设备安全使用的监督；负责辖内在监建筑施工阶段节能的监督管理和项目节能验收管理；参与建设工程评优工作。协调区属建设行业施工队伍从业人员继续教育。

（四）广州市越秀区建设和水务局重点项目督办科。

负责市区交办的有关城市建设重点项目的协调、督办和组织实施工作；配合做好危破房和城中村改造的有关事项；负责督办市区交办的紧急任务；负责区属建设项目的施工招标投标监督管理工作和招标代理机构的资格核准。

（五）广州市越秀区建设和水务局水务科

负责编制全区排水设施、河涌综合整治、污水治理、雨污分流、水浸街改造等水务工作的中长期规划、年度计划、目标责任和实施方案，以及水务设施维护经费的年度计划，并组织实施；负责区管涉水工程开工批复的核发；组织和协调城市建设中涉及水务设施的配套工作；指导本区水务科技发展规划和科技项目攻关，指导协调技术改造和推广应用科技成果，以及对外交流和水务信息化工作；按照管理职权，会同城管执法部门对违反水务建设和管理法律法规的违法违规行为进行检查处理；负责区三防指挥部办公室日常工作。

（六）广州市越秀区建设和水务局组织人事科

负责处理局党委的日常事务；负责干部培养、考察、考核工作；负责向上级党委报送信息；负责上级党委和本级党委工作部署、决策精神的督办落实和情况反馈。

（七）财务科。

负责本单位的会计核算工作；负责行政事业性收费的管理工作；组织局系统城市维护费计划的编制，做好城市维护费的预决算、报表汇总工作和承办市、区城建重点项目资金管理；指导属下单位的财务工作和组织业务培训；建立健全有关制度并对属下单位财务工作进行检查监督和内审；负责对国有资产的核算。