自治区水文水资源局设6个内设机构，另设机关党委和监察室。核定人员编制数80名。

（一）办公室。协助局领导对全局工作进行综合协调，负责文秘、机要、档案、宣传、保密、信访、政务公开、后勤服务等工作；承担安全生产、对外联络服务等工作。

（二）人事处（离退休人员工作处）。负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、干部教育与培训、职称改革工作；承担水文科技成果管理等相关工作；负责局机关离退休人员管理和服务工作，指导直属机关单位的离退休人员工作。

（三）计划财务处。组织起草水文事业发展规划；编制局机关和所属单位年度部门预算、决算；组织实施全区水文系统政府采购工作；承担全区水文系统水文建设资金的监督管理工作；负责财务、审计、综合统计、固定资产、合同管理工作。

（四）站网监测处。组织实施水文监测技术规范，参与制定和修订地方监测技术标准；对专用水文测站设立与撤销提出审核意见；承担全区水文基建项目招投标和竣工验收工作；负责全区水文站网规划和管理工作；承担水文测验仪器设备配备、管理和新技术、新设备的推广应用；承担水文测报、应急监测工作；组织实施水文监测计量器具检定相关工作；承担水文监测资料的整编、汇交、使用审查以及广西水文数据库的开发、应用、管理、维护等工作；承担水文监测设施及监测环境的保护工作。

（五）水情处。承担全区水文情报收集、处理、分析和预报工作，水库水电水文监测信息、中小河流洪水易发区水文监测站网信息和山洪地质灾害水文监测信息接入自治区防汛抗旱指挥部系统工作；负责全区水文水资源信息系统、水文自动测报系统等建设、运行和维护。

（六）水质监测处（水资源评价处）。负责水环境监测的资格审查、水质分析、资料整编管理及审查；承担江河水库和取水许可的水质监测与评价；承担水质站网规划、调整及水质设备、仪器的配备和管理；负责水质监测系统的建设、运行和维护。承担全区水环境监测和水量水质的监测、评价和技术指导以及突发性公共水资源事件应急监测与信息服务工作；参与编制水资源公报，发布水质公报。

（七）机关党委。负责局机关及在邕所属单位的党群工作，指导驻邕外所属单位的党群工作。

（八）监察室。负责检查本系统贯彻执行国家政策、法律、法规和各项规章制度情况；负责查处违反国家政策、法律、法规以及系统的决议、决定、规章制度的行为，并作出处理建议或决定；受理违反政纪行为的检举、控告及信访；负责政风行风纠风工作和内部审计工作。