原为地质部水文工程地质局直属第六大队， 1975年后由广西地质矿产勘查开发局管辖。由于局结构调整，先后于1981年、1984年、1985年、1987年和1991年，从该院（队）划出部分精良人员和装备，分别组建了广西水文地质环境总站、北海水文地质工程地质勘察院、广西第二水文地质工程地质队、桂林水文地质工程地质勘察院和柳州水文地质工程地质勘察院与广西水文地质工程地质勘察公司等单位。1993年，局又将广西水文地质工程地质勘察公司与广西水文地质工程地质队合并，更名为广西柳州地质工程公司。1998年，又将柳州水文地质工程地质勘察院与广西柳州地质工程公司合并，组建为新的广西水文地质工程地质队（保持队、院、公司三块牌子）。广西水文地质勘察院
