根据上述职责，州水利水产局设10个内设机构：

(一)办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开、社会治安综合治理、新闻发布工作；组织指导全州水利信息化建设与管理工作。

(二)人事科

负责机关和所属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育工作；负责水利体制改革的有关工作；协助做好机关及所属事业单位的党建、纪检监察、退休干部服务等工作。

(三)规划计划与财务科

拟订全州水利发展及战略规划，组织编制全州重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核州管和州重点水利水产建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；组织实施水工程建设项目合规性审查工作；拟订全州水利水产行业技术标准、规程规范并监督实施；组织实施重点水利水产科学研究、技术引进和科技推广；组织编制州水利部门预算；承担局机关并指导所属单位的财务管理工作；承担州水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。

(四)水政水资源科

推进全州水利水产行业依法行政工作，组织起草有关规范性文件；研究拟订全州水利工作的政策；组织、指导全州水利行政许可工作并监督检查；承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；协调跨县市水事纠纷；指导水政监察和水行政执法；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；组织指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划工作；指导城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作；组织指导入河排污口设置工作；组织指导计划用水和节约用水工作。

(五)建设及水库管理科（州水利水电工程质量监督站）

负责水利工程建设及工程质量管理工作；承担全州水库管理工作，审批水库运行调度规程并监督实施，负责水库大坝注册登记、大坝安全鉴定和蓄水安全鉴定工作；组织实施水库除险加固工作。

(六)水土保持科

承担全州水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；负责水土流失监测、预报并公告；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。

(七)水利科

组织协调全州农田水利基本建设，组织指导农村节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；承担灌区归口管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设；贯彻落实中央和省有关农村饮水安全的方针政策，归口管理全州农村饮水安全工程建设与管理工作；负责组织编制全州农村饮水安全工程建设与管理总体规划；组织编制农村饮水安全工程项目规划、可研报告和初步设计，拟订工程建设计划并组织实施；组织指导协调全州农村饮水安全工程建设工作。

(八)安全生产监督科

承担全州水利水产行业安全生产监督工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利水产工程安全监督；组织开展州管水利水产工程建设项目的稽察工作；组织指导水利水产建设市场的监督管理和信用体系建设；对水库除险加固进行监督检查。

(九)农电科

负责全州水能资源开发利用和农村水电管理工作；负责水能资源调查评价工作，指导县市水能资源规划工作，编制全州流域水能资源开发规划；组织指导和实施水能资源开发项目技术审查、建设监管、调度运行管理；负责水电农村电气化、小水电代燃料和增效减排工程的规划编制、建设管理、验收等工作；指导水能资源开发项目质量和安全工作，参与重大事故调查。

(十)水产科

贯彻实施《渔业法》，负责全州渔业资源保护和开发利用；查处重大渔业纠纷案件和污染案件，维护渔业生产秩序，保障渔业生产经营者的合法权益；指导全州水生野生动物保护、繁殖及自然保护区规划、建设和管理；编制全州渔业发展中长期规划、年度指导计划，负责全州水产统计工作；指导全州水产科技普及和推广体系建设，负责全州渔业对外经济技术合作、交流和外援项目的引进和管理；指导塘堰、水库、河流等水面的综合开发利用。