1960年，英裔美国经济学家科斯[Coase, Ronald (Harry)]提出排污权交易理论概论。
1968年，美国人戴尔斯（J.H.Dales）在《污染、财富和价格》（Pollution, Property and Prices，1968年发表）中对排污权交易进行了详细阐述。随后美国在《空气清洁法案》对此作出立法性规定，并将其应用于实践中，取得了很好的效果。
70年代后期，美国环境保护局（EPA）开始制定排污权交易程序。
80年代，汽油铅排放交易程序实现。
90年代早期，联邦政府开始了关于移动源的ABT（mobile source averaging, banking, and trading programs）计划。
90年代中期，电力行业控制酸雨计划实施SO2排放交易，洛杉矶烟雾控制计划实施NOx同SO2的排放交易。
90年代后期，美国在东北部实施NOx排污交易预算计划。
90年代，我国引入排污权交易制度，最初为了控制酸雨。
2001年4月，国家环保总局与美国环保协会签订《推动中国二氧化硫排放总量控制及排放权交易政策实施的研究》合作项目，随后开展了“4 3 1项目”。
2001年9月，在多方努力下，江苏省南通市顺利实施中国首例排污权交易。交易双方为南通天生港发电有限公司与南京醋酸纤维有限公司，双方在2001—2007年期间交易SO2排污权1800吨。
2003年，江苏太仓港环保发电有限公司与南京下关发电厂达成SO2排污权异地交易。开创了中国跨区域交易的先例。
2007年11月10日，国内第一个排污权交易中心在浙江嘉兴挂牌成立。标志着我国排污权交易逐步走向制度化、规范化、国际化。
