根据上述职责,市水利局设9个内设机构。

(一)办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作;承担信息、宣传、保密、保卫、信访、政务公开、新闻发布工作;承担机关财务管理工作；协助局领导对各科室工作进行综合协调，承办机关卫生、计划生育和平安建设工作；负责机关内部规章制度建设工作；负责机关办公信息化建设。

(二)计划财务科。拟订全市水利发展战略规划,组织编制水利综合规划、专业规划和专项规划;负责组织水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计的编制、审查申报工作;组织拟订全市中长期水供求计划;承担水工程建设项目合规性审查工作;负责全市水利综合统计和分析工作。负责部门预决算的编制和执行;指导机关和直属单位的财务管理工作;指导全市水利资金监管和水利价格、收费工作;负责直属单位国有资产监管和会计事务管理工作;提出有关水利税收、信贷、财务、价格和收费等方面的政策建议。

(三)水政水资源科（行政事项服务科）。拟订全市水利法制建设规划和起草有关规章制度并监督实施;负责全市水政监察、水行政执法和涉水违法事件的查处工作;承担水事纠纷协调工作;指导普法教育工作;承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作;组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度;组织水资源调查、评价和监测工作;指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施;组织编制水资源保护规划;指导饮用水水源保护、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作;核定水域纳污能力,审查入河排污口的设置,提出限制排污总量的意见;指导计划用水和节约用水工作;组织编发新乡市水资源公报；承办有关规范性文件审核，负责行政处罚裁量标准适用规则以及相关制度的监督实施。负责水资源的统一规划、开发、保护管理工作；制订地下水的补源方案；制订水利系统水污染应急预案并组织实施；提出全市创建节水型社会、城市的建议。负责统一受理（办理）送达行政许可事项，催办督办有关行政事项办理进度，联络并协调相关科室及部门许可事项报批过程中有关问题。

(四) 人事科。负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训工作;指导水利行业职工队伍建设；组织开展水利行业对外经济、技术合作与交流;组织重大水利科学研究、技术引进和技术推广工作;指导局属科研机构、技术推广机构工作。

(五)建设与管理科。指导全市水利工程建设、质量和水利建设市场的监督管理;负责水利工程建设项目的开工审批工作;拟订市水利行业技术标准、规程规范并监督实施;拟订全市水利工程建设和管理制度;组织市重点水利工程建设和验收;组织实施农村水电电气化县建设,指导农村小水电及小电网建设;负责水利工程建设与运行管理;负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护;指导河道、湖泊、水库的治理和开发;组织实施河道管理范围内工程建设方案审查;负责河道采砂管理;指导水域的综合治理、开发利用以及水利旅游、水库养殖和水利行业的供水工作;承担水利行业安全生产工作;指导水库、水电站大坝等水工程的安全监管,组织实施水利工程安全监督。

(六)水土保持科。承担全市水土流失综合防治工作;组织编制水土保持规划并监督实施;组织水土流失监测、预报并公告;对有关法律、法规的执行情况实施监督;审批开发建设项目水土保持方案并监督实施。组织水土保持生态环境建设工作；组织水土保持设施验收工作；组织指导水土保持人员培训工作。

(七)农村水利科。组织协调全市农田水利基本建设，指导农村饮水安全、排水、节水灌溉及雨洪资源利用等工程建设与管理;指导农村水利社会化服务体系建设；编制全市农村水利中长期规划和年度计划；指导全市农田灌溉、除涝、水库灌区、机电排灌站、机井建设；负责农村水利新技术推广工作。

（八)引黄灌溉科。负责全市引黄灌溉和引黄灌溉开发利用，编制引黄灌溉规划和年度计划；负责全市引黄灌溉工程建设和管理；负责引黄灌溉事业的发展、调研与推广应用工作。

(九)直属机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。

离退休干部工作科。负责机关的离退休干部工作,指导直属单位的离退休干部工作。