1986～2000年，是新疆地矿行政管理机构更名易属和管理体制改制、转轨向企业化迈进的重要阶段。此期，地矿部新疆地矿(勘)局把深化改革，发展地质市场经济，努力开创地矿工作的新局面作为头等大事来抓。始终坚持以“地质成果商品化、地质单位企业化、地质工作社会化”为目标的改革方向，强调在地矿工作改革中必须以地质找矿为中心，以提高经济效益为目的，争取地质找矿的重大突破和地质市场经济的不断发展。地矿部新疆维吾尔自治区地质矿产局(简称地矿部新疆地矿局)于1988年在全国地矿系统最早提出“地质矿产科研、勘查、开发一体化，探采工贸一条龙”的改革发展思路，制定了“科技先行，加强基础，区域展开，重点突破，深化北疆，开拓南疆”的战略布局，使新疆地质找矿工作取得重大突破。制定了“以地质矿产勘查开发为主导产业，一业为主，多种经营”的经济发展战略，从而开始了组建经济实体和派生外向型经济创收单位，积极吸收社会资金，使地矿工作逐步走向市场经济轨道，将地矿工作资金来源由单纯依靠国家预算拨款，转变为国家预算拨款与吸收社会资金多渠道，使地矿部新疆地质矿产局的工作生产和经营活动倍增活力。与此同时，以贯彻《中华人民共和国矿产资源法》为重点，强化地矿行政管理工作。以整顿矿业秩序为突破口，逐步加强新疆矿产资源管理、矿产开发监督管理、地质环境管理和地质勘查行业管理职能，使新疆成为全国矿业秩序全面好转的省区之一。
本着改革的精神，地矿部新疆地矿局于1985年开始，对部、局下达的指令性计划的完成，试行了按地质项目管理，把市场经济机制引进地质工作，以地质成果比作商品进行管理，在地质项目中试行项目承包或委托承包责任制。在承包或委托承包时以合同形式明确甲乙双方(局、直属单位)的责任和权利，辅以奖惩办法。随着地质工作(生产)计划由直接分配改按项目管理，以承包或委托承包形式去完成，局对直属单位行政领导干部的任免程序也随之改变，局只对承包人(法人代表)或委托承包人进行任命、聘任(其职务仍为队长、厂长、主任等)，承包期领导班子其他成员由承包人提名，经所在单位党组织议定报局审批，凡未被提名聘任的原行政领导班于成员的职务自行免除。在承包聘任期内，实行目标责任制，其任期与承包期一致，定为2年，3年、4年。到1995年基本停止地质项目承包形式，实行目标管理经济责任制，直属单位行政领导干部的任免也恢复到由局直接任免的程序。
1996年7月，地矿部新疆地矿局更名为新疆维吾尔自治区地质矿产厅(简称新疆地矿厅)，另组建地矿部新疆地质矿产勘查开发局，正式挂牌公布成立后，自治区人民政府和地质矿产部随即下达新疆维吾尔自治区地质矿产厅、地矿部新疆地质矿产勘查开发局职能配置、内设机构和人员编制方案，据此，厅、局及时地调整了职能机构，理顺工作关系，在加强新疆地矿行政管理，抓好地矿工作(生产)年度计划的实施和完成的同时，加大开拓地质市场经济的力度。根据1999年4月国务院批准的《地质勘查队伍管理体制改革方案》和1999年6月《国土资源部、新疆维吾尔自治区人民政府关于地质勘查队伍属地化管理的商谈纪要》的要求，原地矿部新疆地质矿产勘查开发局归属自治区人民政府直接领导，更名为新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局(简称新疆地矿局，正厅级)，新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局仅保留一支技术素质高、装备精良、精干高效的地质勘查队伍，组织开展地区经济和社会发展所需的基础性、战略性地质勘查队伍，其余则逐步改组成按照市场规划运行和管理的自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展的多种经营和创收的经济实体，向企业化迈进。
据此，新疆地质矿产勘查开发局按照1998年制定的《关于战略结构调整的实施意见》，加大改革力度，重点抓好优化产业结构，按照市场需求和区域经济发展趋势，立足于主业及相关产业和现有企业上的改制、调整，拉长主业链条，充分利用地质产业本身优势，积极占领市场，本着以资产为纽带，产业为关联，进行资产重组，使之形成合力优势，规模经营，以期取得更大的社会效益和经济效益。为保证改制、转轨工作的顺利进行，新疆地质矿产勘查开发局在2000年元月全局经济工作会议上同时出台了《矿业公司组建方案》、《地质调查院组建方案》，《宝地工程建设有限责任公司实施方案》、《资产经营责任制实施办法》、《竞争上岗实施办法》、《中小学改革实施办法》等六项改革措施。到2000年，除在直属单位中派生外向型创收单位外，局还先后组建新疆地质工程勘察总公司、新疆地质工程勘察设计院、新疆矿产品开发贸易公司、新疆地质物资供销总公司、新疆宝地企业集团公司、新疆深圳城有限责任公司、新疆维吾尔自治区地质调查院、新疆大华建筑安装工程有限责任公司、新疆宝地工程建设有限公司、新疆宝地矿业股份有限公司、新疆宝地投资有限责任公司等经济实体和支柱产业，为新疆地矿局改制、转轨，向企业化迈进奠定了基础。
机构沿革
地矿部新疆维吾尔自治区地质矿产局(简称地矿部新疆地矿局)，是由原地矿部新疆维吾尔自治区地质局于1983年4月改称的，另设有中共地矿部新疆维吾尔自治区地质矿产局党组、中共新疆维吾尔自治区地质矿产局纪律检查组、中共地矿部新疆维吾尔自治区地质矿产局政治部和地矿部新疆维吾尔自治区地质矿产局工会工作委员会、共青团新疆维吾尔自治区地质矿产局委员会等党群组织。随着管理体制改革工作不断深化，1995年12月，依据新疆维吾尔自治区人民政府、地矿部《关于新疆维吾尔自治区地矿行政管理机构改革的会商纪要》原则， 将地矿部新疆地矿局更名为新疆维吾尔自治区地质矿产厅(简称新疆地矿厅)，另组建地矿部新疆地质矿产勘查开发局(简称地矿部新疆地勘局)．于1996年7月5日正式挂牌宣告成立，即一个机构，一套领导班子，两块牌子。1998年3月10日，第九届全国人民代表大会第一次会议决定，撤销中华人民共和国地质矿产部，由地质矿产部、国家土地管理局、国家海洋局、国家测绘局共同组建国土资源部，并于4月8日正式挂牌宣告成立，原地矿部新疆地勘局名称未改，仍与新疆地矿厅一个机构，一套领导班子，两块牌子继续运作。此后，2000年7月20日自 治区人大常委会第十七次会议决定，将新疆地矿厅、新疆土地管理局、新疆测绘局合并组成新疆维吾尔自治区国土资源厅，并于8月5日正式挂牌宣告成立。遵照1999年6月23 B《国土资源部、新疆维吾尔自治区人民政府关于地质勘查队伍属地化管理的商谈纪要》要求，将原地矿部新疆地勘局更名为新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局(简称新疆地矿局，下同)，为正厅级事业单位，由自治区人民政府直接领导管理，从而终止了原地矿部新疆地勘局的工作。新疆地矿局作为正厅级事业单位，在自治区人民政府领导下开始运作 。
体制沿革
1986～2000年的15年过程中，新疆地矿管理机构随着管理体制改革工作的不断深化，几经更名，易属。
地矿部新疆地矿局，原系地矿部派驻新疆的地质矿产管理工作机构，又是自治区人民政府对本地区地质矿产工作进行规划管理的主管部门，实行自治区人民政府和地矿部双重领导，以地矿部管理为主的领导体制。使用事业编制，由事业费开支。直接领导管理本局所属地质队伍进行地质矿产资源的调查研究和勘查工作。
1995年10月26日，中共新疆维吾尔自治区委员会、新疆维吾尔自治区人民政府以新党发(1995325号文下发《关于自治区党政机关、机关后勤和事业单位机构改革实施意见的通 知》，通知中决定设立地质矿产厅，作为自治区人民政府对地质矿产工作的行政管理机构，此前，地矿部副部长张宏仁代表地矿部党组和自治区党委书记王乐泉就自治区地矿行政机构改革问题在乌鲁木齐市进行会商，取得共识，地矿局党组书记冯志学、局长高壮参加了会商。据此，新疆维吾尔自治区人民政府代表王友三和地矿部代表张宏仁于1995年u月29日在乌鲁木齐就新疆地矿管理机构改革有关问题进行了会商，取得一致意见，并形成《新疆维吾尔自治区人民政府、地质矿产部关于新疆维吾尔自治区地矿行政管理机构改革的会商纪要》(简称“会商纪要”)。其中：关于新疆地矿行政管理机构改革问题，根据新疆的实际情况，将地矿部新疆地矿局更名为新疆维吾尔自治区地质矿产厅，进入自治区人民政府序列，作为政府的职能部门，在自治区人民政府的领导下，统一履行全区矿产资源管理、矿产开发监督管理、地质环境管理和地质勘查行业管理职能。地矿部在新疆的地质矿产勘查队伍，组成地矿部新疆地质矿产勘查开发局。新疆维吾尔自治区地质矿产厅与地矿部新疆地质矿产勘查开发局，一个机构，两块牌子，实行地矿部与自治区双重领导，以地矿部管理为主的领导体制；关于新疆维吾尔自治区地质矿产厅的行政经费与地矿部新疆地质矿产勘查开发局的工作经费，由地矿部按原渠道核拨。基本建设投资渠道不变，国有资产不分，权属关系不变，实行统一管理；关于新疆地矿厅与地矿部新疆地勘局干部管理，实行地矿部与自治区双重领导，以地矿部管理为主。干部任免，由双方考察，取得一致意见，由自治区、地矿部分别按规定程序办理任免手续。
此后，自治区和地矿部根据《会商纪要》原则，相继任命子厅、局党政领导班子组成人员，但地矿部新疆地矿局更名为新疆地矿厅，另组建地矿部新疆地勘局未正式对外公布，因而，原地矿部新疆地矿局继续运作。1996年7月5日，正式挂牌对外宣告：新疆维吾尔自治区地质矿产厅、地矿部新疆地质矿产勘查开发局，业经新疆维吾尔自治区人民政府，地矿部批准成立，并分别启用“新疆维吾尔自治区地质矿产厅”和“地质矿产部新疆地质矿产勘查开发局”两枚印章，原“地质矿产部新疆维吾尔自治区地质矿产局”印章停止使用。至此，地矿部新疆地矿局才终止工作，新的使命和续管工作则由新疆地矿厅和地矿部新疆地勘局按照自治区人民政府、地矿部所赋予的管理权限，职责范围履行各自的职能。
《会商纪要》形成后，为进一步明确新疆地矿厅、地矿部新疆地勘局的工作职能、内设机构、人员编制等问题，地矿部新疆地矿局根据自治区机构改革领导小组办公室《关于自治区级党政机关机构改革实施“三定”的意见》，拟出《新疆维吾尔自治区地质矿产厅职能配置、内设机构和人员编制方案L《地质矿产部新疆地质矿产勘查开发局职能配置、内设机构和人员编制方案》于1996年5月，分别呈报自治区人民政府和地矿部审批。经自治区机构改革领导小组办公室审核，征得地矿部同意，自治区人民政府批准，于1996年8月16日，1996年11月19日由自治区人民政府、地矿部分别发出《关于印发新疆维吾尔自治区地质矿产厅职能配置、内设机构和人员编制方案的通知》(新政办[19963140号)、《关于地质矿产部新疆地质矿产勘查开发局职能配置、内设机构和人员编制方案的批复》(地发[19961249号)，对新疆地矿厅和地矿部新疆地勘局职能配置、内设机构和人员编制做了明确规定。
新疆地矿厅是主管自治区矿产资源、地质环境和地质勘查的职能部门。其主要职责：(1)负责《矿产资源法》及其配套法规的组织实施和监督检查；参与制定地方性法规和政府规章，组织制定自治区地矿工作改革与发展的战略、方针、政策以及有关规章制度，组织实施和监督，指导并监督检查自治区各级地矿行政管理工作。(2)负责自治区矿产资源管理；组织编制自治区矿产资源规划，依法合理分配矿产资源；负责矿产资源补偿费征收和使用管理，维护矿产资源国家所有的权益；统一管理全区各类地质成果资料，负责地质勘查成果登记和地质资料的汇交管理；审批和管理矿产储量，审批下达矿床工业指导，审批矿山闭坑地质报告。(3)负责自治区矿产资源开发的监督管理，依法参与审批开办矿山企业的立项报告；负责采矿登记发证管理工作；组织协调自治区有关部门调查处理重大采矿权属纠纷；对矿产资源的开发、利用和保护进行监督管理。(4)在国家和自治区环境保护规划指导下，负责全区地质环境及其开发利用工作；组织编制地质环境保护、监测及地质灾害防治规划和计划，参与编制自治区环境保护规划；组织协调地质灾害的治理工作，对重大建设项目、城市总体规划和区域经济开发规划的审批提供有关审查意见；负责全区地质环境监测站、网统一管理。(5)参与全区水资源调查、评价、规划，协同水行政主管部门管理地下水资源；负责全区地下水资源勘查、监测、统计、分析和储量审批管理工作，并对全区地下水资源(含天然矿泉水、地热水)的合理开发利用进行监督管理。(6)负责全区地质勘查工作的行业管理；组织制定编制自治区地质勘查工作中长期规划和年度计划，制定并发布自治区地质勘查工作布局指南，管理自治区地方地质勘查资金和地质勘查基金，组织监督勘查项目的实施；依法负责地质勘查单位的资质认证和地质勘查项目的登记管理，协调处理地质勘查纠纷；负责地质勘查综合统计工作。(7)组织制定全区地质科技发展规划，负责协调重大地质科技项目的实施；管理地质科技成果；组织开展地质人才需求预测，编制地质教育发展规划。(8)组织协调地质勘查、矿产资源开发工作的对外交流与合作；负责地质矿产勘查开发的招商引资洽谈和协议签署，参与审批中外合资、合作与外资在自治区境内进行的矿产资源勘查、开发项目；归口组织参加有关国际重大地矿活动。(9)管理直属地质勘查队伍；提供矿产资源和地质资料；指导地矿行业各类协会、学会的工作。(10)承办自治区人民政府和地质矿产部交办的其他工作。
地矿部新疆地质矿产勘查开发局是地矿部派驻新疆维吾尔自治区正厅局级事业单位，与新疆维吾尔自治区地质矿产厅一套工作班子，实行地矿部与新疆维吾尔自治区人民政府双重领导，以地矿部为主的管理体制。其主要职责是：根据国家计划和产业政策，按照建立社会主义市场经济体制的要求，抓好地质找矿，发展矿业经济，带好地质队伍，承担地矿部和新疆维吾尔自治区人民政府交办的有关事宜。
由于自治区人民政府和地矿部对新疆地矿厅、地矿部新疆地勘局的管理权限，职责范围作了明确的规定，从而使厅、局的工作有章可循有法可依。
1998年3月l0日，第九届全国人民代表大会第一次会议审议了国务院机构改革方案，批准撤销中华人民共和国地质矿产部，由地质矿产部、国家土地局、国家海洋局和国家测绘局等4单位组建中华人民共和国国土资源部。于4月8日正式挂牌宣告成立。尽管地矿部被撤销，其工作业务划归国土资源部领导、管理，但地矿部新疆地勘局的名称未改仍继续运作。
根据国务院办公厅1999年4月30日，国办发C1999337号文印发的1999年4月9日国土资源部、中编委、体改委制订并经国务院常务会议通过的《地质勘查队伍管理体制改革方案》要求，1999年6月23日，新疆维吾尔自治区人民政府与国土资源部就原地矿部所属驻新疆地质勘查队伍属地化管理问题进行商谈，形成《国土资源部、新疆维吾尔自治区人民政府关于地质勘查队伍属地化管理的商谈纪要》，中华人民共和国国土资源部代表蒋承菘，新疆维吾尔自治 区人民政府代表吾甫尔·阿不都拉共同签署，并由自治区人民政府办公厅于1999年8月6日，以新政办[1999396号文印发新疆地、州、市人民政府，行政公署和自治区人民政府各部门、直属单位，要求有关部门和单位抓紧落实并予以大力支持，以保证驻疆地勘队伍屑地化管理工作顺利实施。
1999年6月23日形成的《国土资源部、新疆维吾尔自治区人民政府关于地质勘查队伍属地化管理的商谈纪要》共十项，其中：为确保平稳过渡，保证地质勘查队伍稳定，原地矿部驻疆地勘队伍属地化管理后，新疆维吾尔自治区人民政府同意地勘单位现行的有关政策继续执行，并同时享受自治区事业单位的同等政策；新疆维吾尔自治区人民政府同意原地矿部新疆地质矿产勘查开发局更名为新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局(简称新疆地矿局)，为自治区人民政府直属正厅级事业单位，继续管理原地矿部驻疆地勘队伍。属地化管理后，地勘单位不再层层下放。新疆地矿局所属单位事业性质不变、建制不变、级别不变、党团组织隶属关系不变；原地矿部驻疆地勘队伍属地化管理后，其国拨地勘费的年度预算基数为16 020万元，划转新疆维吾尔自治区财政，在自治区区级财政预算科目中单列，用于原地矿部驻新疆地勘队伍离退休人员费用、经常性费用和自身发展必需的地质勘查工作费用支出。新疆维吾尔自治区人民政府保证资金及时全额到位，不截留，不挪用。同时，根据地方财政状况及发展需要给予必要的支持根据1998年财务决算，原地矿部驻疆地堪队伍的资产总额90 939万元，负债48 790万元，净资产42149万元，其中国家基金(资本)33 832万元，划转新疆维吾尔自治区人民政府，新疆维吾尔自治区人民政府将此资产委托新疆地矿局管理；原地矿部驻疆地勘队伍现有下属县处级事业单位32个，职工总数15 584人，其中在职职工9 417人，离退休人员6 167人，属地化管理后，其组织、人事、劳动关系分别划转新疆维吾尔自治区组织、人事、劳动部门管理。地勘单位下岗职工与当地下岗职工同等对待，职工失业保险、医疗保险、住房制度改革(包括住房公积金)按国家和新疆维吾尔自治区事业单位的规定办理，养老保险待国家和自治区事业单位养老保险方案出台后按规定统一解决；鉴于新疆国土面积大、成矿条件好、勘查程度低等原因，新疆维吾尔自治区人民政府同意，新疆地矿局保留一支技术素质高、装备精良、精干高效的地质勘查队伍。国土资源部表示，将继续重视和加强新疆的地质矿产勘查工作，并对新疆的找水及全区生态环境的改善给予支持；新疆维吾尔自治区人民政府提出，新疆地矿局所属队伍由于经济薄弱、投入不足、基地建设欠帐过多等特殊困难，希望国土资源部继续给予支持和帮助。对上述困难，国土资源部完全理解，将尽力给予支持，并积极帮助解决好基地建设等遗留问题；自本商谈纪要签署之日起，原地矿部驻疆地勘队伍正式划归新疆维吾尔自治区人民政府管理。
1999年6月23日，地勘队伍属地化管理《商谈纪要》形成后，由于自治区人大对此未开会 研究，因而原地矿部新疆地勘局名称未改，继续运作。
2000年7月20日，自治区第九届人大常委会第十七次会议通过决议，决定成立新疆维吾尔自治区国土资源厅，审议通过自治区人民政府机构改革后的机构设置，自治区人民政府原组成部门的厅长、主任，这次未重新任命的，其职务一律自行免除，不再履行免职手续的决定。以原新疆地矿厅、新疆土地管理局、新疆测绘局组成的新疆国土资源厅于8月5日正式挂牌宣告成立，同时宣布了新疆国土资源厅党政领导班子组成人员名单，其中，新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局(由原地矿部新疆地勘局改称)党委书记兼副局长李琳、局长兼党委副书记田建荣为国土资源厅党组成员。 原新疆地矿厅、地矿部新疆地勘局党组书记兼副厅、局长冯志学仍任自治区政协委员；原新疆地矿厅厅长兼党组副书记、地矿部新疆地勘局局长兼党组副书记高壮改任新疆国土资源厅正厅级巡视员；原新疆地矿厅副厅长、党组成员，地矿部新疆地勘局副局长、党组成员阿不都书库尔·阿不都拉(维吾尔族)改任新疆国土资源厅副厅级助理巡视员。
按照《国土资源部、新疆维吾尔自治区人民政府关于地质勘查队伍属地化管理的商谈纪要》原则，2000年7月13日，自治区党委以新党干字[20001213号文发出《关于成立中共新疆维吾尔自治区地质矿产勘发局委员会的通知》(注：后经自治区党委批准改设党组)，并任命了党委书记、副书记；7月28日，自治区人民政府以新政任字C2000]111号文发出《干部任职的通知》，任命了新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局局长、副局长。8月11日，自治区机构编制委员会以新机编字[2000]33号文发出《关于“地质矿产部新疆地质矿产勘查开发局更名”的批复，根据“商谈纪要”精神，为理顺关系、规范机构名称，原地矿部新疆地质矿产勘查开发局下放地方管理后，更名为新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局，为自治区人民政府直属正厅级事业单位。据此，新疆维吾尔自治区地质矿产勘查开发局于8月16日正式挂牌宣告成立并开始运作。
此后，自治区人民政府又发出数项厅、局领导任命的通知：2000年11月13日，自治区人民政府以新政任字[2000]128号文发出任命田建荣为自治区国土资源厅副厅长(新疆地矿局局长兼党委副书记)的通知和新政任字[20001129号文任命曾小刚、安尼瓦尔·阿不力孜(维吾尔族)为新疆地矿局副局长的通知：12月7日，自治区人民政府以新政任字[20001151号文发出任命王福同为新疆地矿局总工程师的通知 。2100433B
