（一）办公室（政策研究室）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、外事、提案、政务公开、新闻发布、对外宣传和督查工作；组织起草机关规章制度，负责机关固定资产的管理；研究拟订水利工作政策；负责水利信息化工作。
（二）规划计划处
拟订自治区水利战略规划。组织编制重点流域综合规划及专业规划；负责组织实施水工程建设规划同意书制度；组织编制、报批重点水利、水电工程项目的前期规划；组织审查自治区重要水利建设项目建议书、可行性研究报告，审批项目初步设计报告；提出自治区区级水利建设资金、水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划；承担水利统计工作。
（三）财务审计处
组织编制自治区级水利部门预算、决算，承担水利资金管理使用、水利工程管理的审计监督及绩效评估工作；承担机关并指导所属单位财务、国有资产监管和内部审计工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；指导水利行业财务会计工作。
（四）水政水资源处（自治区节约用水办公室）
组织水利地方性法规、规章的调研起草工作；组织指导水政监察和水行政执法工作；承办部门、地区及兵团之间水事纠纷的协调和仲裁工作；承办行政诉讼、行政复议和法规宣教工作；负责水利行政许可工作并监督实施；组织实施水资源取水许可、水资源费征收和水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制地下水开发利用保护规划；水功能区划、水资源保护规划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导入河排污口设置工作；指导饮用水源保护、城市供水水源规划、城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作；指导城市水务建设和管理；指导计划用水和节约用水工作；组织指导节水型社会建设工作；负责水文站网管理；指导凿井工作；承办国际河流水资源管理及涉外事务；发布自治区水资源公报。
（五）建设与管理处
组织拟订水利建设政策、法规、制度并监督实施。指导水利设施、水域及其岸线的管理和保护。指导河湖及河口、滩涂的治理和开发。组织实施河道范围内工程建设方案审查制度。组织实施河道采砂管理工作。指导水利工程建设与运行管理；指导水利建设项目的主体工程开工审批、蓄水安全鉴定、验收、后评价等；组织具有控制性或跨流域、跨区域的重要水利工程建设与运行管理；组织实施水利工程建设的监督和稽察；负责水利行业工程质量、造价、监理的管理工作；负责管理水利建设市场，监督指导市场准入。
（六）水土保持处
负责水土流失综合防治工作，组织编制自治区水土保持规划并监督实施；指导水土保持重点工程的建设工作；组织水土流失的监测、预报并公告；负责开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作；对有关法律、法规的执行情况依法实施监督；组织水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用；负责《水土保持法》的宣传工作。
（七）农牧水利处
研究提出自治区农牧区水利的方针政策、发展规划，拟定有关的规范和标准；指导自治区农田水利（含牧区水利）基本建设、乡镇供水、农村饮水安全、节水灌溉、排水等工程建设与管理；拟订大、中、小型灌区及灌排骨干工程发展规划和更新计划；指导自治区农村水利社会化服务体系建设。
（八）科技与国际合作处
负责水利科技工作，组织编制自治区水利科技发展规划；负责水利科技项目和科技成果的管理工作，组织重大水利科学研究、技术引进与科技推广工作；指导水利科技创新体系建设，指导水利行业科研机构和水利科技信息工作；拟订水利行业性地方性技术标准和规程、规范并监督实施；负责水利系统对外交流与合作。
（九）安全监督处
指导水利行业安全生产工作，组织开展水利行业安全生产大检查，承担自治区水利厅安全生产领导小组办公室的日常工作；监督指导水库、水电站、大坝的安全监管，组织实施水利工程安全监督；指导水利水电工程设施、防洪设施、水库大坝及重点水利工程的安全监管和保卫工作；组织参与重大水利安全事故的调查处理。指导水利重大安全事故的应急处理。
（十）政治部
拟订水利系统人才规划及相关政策，组织指导机关及所属单位干部人事制度改革；负责机关和所属单位干部队伍建设和干部监督工作；负责机关和所属单位人事、机构编制、劳动工资和党建等工作；负责水利专业技术职称评审、厅系统专业技术职务评聘和专家管理工作。
（十一）劳动培训教育处
组织指导机关和所属单位社会保障、职工再就业、劳动保护、卫生保健和疗养休养工作；负责水利系统职工培训、继续教育、工人技能鉴定工作；拟订水利干部教育培训规划并监督实施；负责水利厅培训中心工作；编制水利教育发展规划；指导水利厅直属院校的工作。
（十二）机关党委（党建处）
负责机关及所属单位的党建工作。
（十三）监察室（与纪检组合署办公）
为自治区纪委（监察厅）的派驻机构，负责机关和所属单位纪律检查和行政监察工作。
（十四）离退休干部工作处
负责机关的离退休干部工作，指导所属单位的离退休干部工作。
