日本木瓜常见的病害有茎腐病。其症状是受害植株在靠近土面的茎基部初生暗色斑点，扩大后呈棕褐色，收缩腐烂。病菌侵染日本木瓜叶片引起暗绿色水渍状圆斑；侵染日本木瓜叶柄呈褐色腐烂。该病主要因盆土过湿所致，发生时，要及时摘除病叶、老叶，控制浇水，保证盆土不要过湿即可防治。
日本木瓜常见的虫害有蚜虫、红蜘蛛和卷叶蛾。
蚜虫
危害症状：蚜虫一般在春季和秋季发生较多，此时正是日本木瓜生长开花季节。如果通风不良，环境闷热就容易发生。
防治方法：加强通风，用50%灭蚜松乳剂1500倍稀释液、50%辛硫磷乳油2000倍稀释液或20%灭多威乳油1500倍稀释液喷洒即可。
红蜘蛛
危害症状：红蜘蛛一般发生在天气干燥、高温的夏季，红蜘蛛在嫩叶背后吸取汁液，叶片上会出现小的褐色斑点，严重时会使叶黄脱落。
防治方法：发现虫害时要及时摘除病叶，以防蔓延。严重时喷洒40%乐果乳剂1000-5000倍稀释液、50%久效磷乳油1500倍稀释液或40%水胺硫磷乳油1500倍稀释液。
卷叶蛾
危害症状：卷叶蛾也是日本木瓜常见的虫害之一。以幼虫食害嫩叶和花，直接影响植株生长和开花。
防治方法：少量发生时人工捕捉即可；严重时用40%的氧化乐果1000倍稀释液喷雾防治。
