直属站9个：哈尔滨站、哈尔滨南站、齐齐哈尔站、牡丹江站、佳木斯站、三间房站（编组站）、七台河站、绥芬河站、满洲里站；

机务段5个：哈尔滨机务段、齐齐哈尔机务段、牡丹江机务段、佳木斯机务段、三棵树机务段（客车段）；

车务段9个：哈尔滨车务段、齐齐哈尔车务段、牡丹江车务段、佳木斯车务段、大庆车务段、鸡西车务段、绥化车务段、海拉尔车务段、加格达奇车务段；

客运段3个：哈尔滨客运段、齐齐哈尔客运段、牡丹江客运段；

车辆段4个：哈尔滨车辆段、齐齐哈尔北车辆段（客车段）、齐齐哈尔车辆段（货车段）、三棵树车辆段（客车段）；

供电段3个：哈尔滨供电段、齐齐哈尔供电段、牡丹江供电段；

工务段9个：哈尔滨工务段、齐齐哈尔工务段、牡丹江工务段、佳木斯工务段、鸡西工务段、绥化工务段、海拉尔工务段、加格达奇工务段；大庆工务段；

电务段4个：哈尔滨电务段、齐齐哈尔电务段、牡丹江电务段、海拉尔电务段；

大型机械化维修段1个：哈尔滨工务机械段；

通信段1个：哈尔滨通信段；

动车段1个：哈尔滨动车段；

房产建筑段5个：哈尔滨房产建筑段、齐齐哈尔房产建筑段、牡丹江房产建筑段、佳木斯房产建筑段、海拉尔房产建筑段。