2005年3月18日0时起，铁道部将全国15个铁路局所下辖的41个铁路分局全部裁撤。将原铁路分局所管辖的站段单位，划归铁路局直属管辖。哈尔滨铁路局下辖的5个铁路分局：哈尔滨铁路分局、齐齐哈尔铁路分局、牡丹江铁路分局、佳木斯铁路分局、海拉尔铁路分局被裁撤，分别更名为哈尔滨铁路办事处、齐齐哈尔铁路办事处、牡丹江铁路办事处、佳木斯铁路办事处、海拉尔铁路办事处。

2017年11月16日，在国家企业信用信息公示系统中，中国铁路哈尔滨局集团有限公司已经完成工商登记变更。

中国铁路哈尔滨局集团有限公司的法定代表人、董事长均为王进喜，其此前担任公司制改革前哈尔滨铁路局局长；原哈尔滨铁路局党委书记马春山，担任改制后公司的总经理一职，并兼任董事。原哈尔滨铁路局副局长王辉、姜辉、李俊林、于志学、齐金岩、贯昌奉，原哈尔滨铁路局总工程师桂文毅，原哈尔滨铁路局党委副书记朱希民，原哈尔滨铁路局总会计师战兴双，原哈尔滨铁路局纪委书记淘宝权，担任改制后公司的董事一职；原哈尔滨铁路局财务处郝丹峰，中国铁路沈阳局集团有限公司监事丛华滋，担任改制后公司的监事一职。总的来说，中国铁路哈尔滨局集团有限公司除1名董事长、1名总经理外，还公布了11名董事和2名监事。其中，总经理兼任董事一职。

工商登记变更后，中国铁路哈尔滨局集团有限公司仍为中铁总100%控股的公司。在此次工商变更登记完成后，公司由原先的全民所有制企业先变更为有限责任公司（国有独资），再变成有限责任公司（非自然人投资或控股的法人独资）企业，注册资本不变，出资人由铁道部哈尔滨铁路局变更为中国铁路总公司，经营范围不变。