水务局行政编制9名。设局长1名，副局长3名。
水务局内设事业单位25个，分别为：中宁县水利规划建设管理中心、中宁县农村水利管理中心、中宁县水政与水资源管理中心、中宁县河湖长制工作服务中心、中宁县水旱灾害防御中心、中宁县水土保持工作站、中宁县水库移民管理中心、中宁县水利工程安全生产和质量监督站、中宁县柳青渠管理所、中宁县康滩渠管理所、中宁县南北渠管理所、中宁县北滩渠管理所、中宁县长鸣渠管理所、中宁县宁安水利工作站、中宁县石空水利工作站、中宁县余丁水利工作站、中宁县舟塔水利工作站、中宁县新堡水利工作站、中宁县恩和水利工作站、中宁县鸣沙水利工作站、中宁县白马水利工作站、中宁县大战场水利工作站、中宁县喊叫水水利工作站、中宁县徐套水利工作站、中宁县太阳梁水利工作站。其职责和编制事项另行规定。
