县（市）区局为正科级全职能局。根据工作职责，县（市）区局相应设置内设机构、直属机构、派出机构和事业单位。丹东市国家税务局系统共有7个县（市）区国家税务局，均为正科级全职能局，分别是：
振兴区国家税务局、振安区国家税务局、元宝区国家税务局、合作区国家税务局、辽宁省东港市国家税务局、辽宁省凤城市国家税务局、宽甸满族自治县国家税务局。
（一）内设机构
县（市）区局内设机构一般为8-10个，级别为正股级，具体名称如下：办公室、政策法规科、收入核算科、纳税服务科（办税服务厅）、征收管理科、人事教育科、监察室、税源管理科。另设机关党委办公室。
1．办公室
拟订本单位年度工作计划、有关工作制度；起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信息、调研、信访、保密、密码等；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作；办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项；管理本单位财务、政府采购、后勤保障等机关行政事务工作；组织实施综合行政管理信息系统；协助领导对有关工作进行综合协调；承办领导交办的其它工作。
2.政策法规科
负责货物和劳务税、所得税等税种的税政业务；管理增值税专用发票；负责金税工程相关税种业务的管理、推广应用及认证报税、数据采集、稽核管理工作；负责相关税种的纳税评估办法、日常稽核和日常管理性检查工作；负责税收协定执行、反避税实施、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等；负责涉税法律事务；负责组织对税收法律、法规执行情况进行日常管理性监督检查；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；负责税务行政诉讼和行政复议等事项；负责对出口货物退（免）税相关业务申报的初审、审核，组织落实本地出口货源征税情况并负责对外复函；牵头抓好依法治税和依法行政工作，拟定依法治税和依法行政工作方案并组织贯彻实施；开展税收政策调研与税收政策执行情况评估反馈工作；开展世贸税收调查应对工作；承办领导交办的其它工作。
3、收入核算科
牵头编制年度税收计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作；承办领导交办的其它工作。
4.纳税服务科（办税服务厅）
负责组织、协调和指导本单位各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；负责组织实施纳税服务工作规范和操作规程；负责组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；负责组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；负责指导税收争议的调解；承担短信系统的运行管理工作；组织实施面向纳税人的税法宣传；组织实施税收信用体系建设。
负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理减免申请及有关优惠政策申请等；承办领导交办的其它工作。
5.征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、税款征收、税收资料管理、普通发票管理、税控器具和征管软件的推广应用等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度；组织实施综合性纳税评估办法；承办领导交办的其它工作。
6.人事教育科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；组织落实税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估；负责离退休干部的服务和管理工作；负责机关和系统目标管理考核工作；承办领导交办的其它工作。
7.监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；组织协调本单位的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本单位工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本单位工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作；承办领导交办的其它工作。
8.税源管理科
负责对所辖税源的监控管理工作，对辖区内纳税人实行分类管理和纳税服务；负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收调研、日常检查、户籍管理、政策送达、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、处理一般性违规违章行为等；承办领导交办的其他工作。
机关党委办公室
负责思想政治工作、精神文明建设、税务文化建设和基层建设；负责党建、工会、共青团、妇委会工作；承办领导交办的其他工作。
全市国税系统计有7个县（市）区局设3个税源管理科，计有1个县（市）区局设2个税源管理科。
县（市、区）局的机关党委办公室根据《中共国家税务总局党组关于加强和改进税务系统党建工作的指导意见（试行）》（国税党字〔2007〕9号）有关精神设立。不设立的可将职责并入人事教育科。
（二）直属机构稽查局职责：组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；开展税收专项检查工作和税收专项整治工作；办理税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见。
（三）事业单位
县（市）区局设信息中心，级别为正股级。
信息中心职责：承担本单位信息化建设的技术支持、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织本单位信息安全管理与实施
