仙桃市国土资源局机关由“九科两室”组成，分别是：办公室、人事教育科、政策法规科、行政监察室、财务审计科、行政审批科、征地管理科、土地利用管理科、规划耕保科、地政地籍科、地质矿产科。

办公室

组织协调机关日常工作；负责综合性文件和材料起草、重要会议组织、文电处理、新闻宣传、机要保密、信息综合、综合统计、建议和提案办理、社会治安综合治理。

人事教育科

负责本系统的人员管理、干部职工教育培训、员工保险、福利、普法、计划生育工作；负责全系统各二级单位和直属单位领导班子建设的管理和指导；负责系统精神文明建设工作；会同有关部门制定科技、教育、发展计划；组织科技攻关、课题研究、成果鉴定和推广、收集整理土地科技信息；协助管理工会工作。

政策法规科

组织调研、起草有关土地资源、矿产资源的规范性文件；负责相关法律法规和政策的宣传教育、普法、信访、行政复议、国土资源执法检察工作。

行政审批科

负责全市国土系统内所有审批事项的咨询、告知、登记、受理、分办、督办、核查、统计、核发批文和证书以及单位用地的收费；负责各类行政审批事项的督促、落实和回复；负责所有个人用地（不包括单位和个人之间的变更）、土地抵押登记和共有土地登记的审核（审批）。

行政监察室

监督检查全市国土资源系统贯彻执行党的路线方针政策，遵守国家法律、法规和落实政策情况；具体负责本系统的党风廉政建设和反腐败工作；负责行政效能监察工作。

财务审计科

负责建立健全全市国土资源管理系统财务管理制度和行政事业经费的预算、决算，统一管理国土资源源管理部门的收支经费，协助财税部门做好土地税费的征收和管理工作，对国土资源管理系统的各项行政事业性收费进行财务监督管理，对矿产资源补偿费征收和使用进行监督，负责局机关所属单位的财务审计工作，负责局机关及所属单位国有资产管理。

征地管理科

负责农用地转用、土地征收征用的审查、批报；公告、听证、核查工作；负责国家和省重大建设项目用地统征包干的具体工作；负责拟定和调整区域性征地补偿标准方案，掌握全市建设用地动态。

土地利用管理科

拟定存量国有土地使用权出让、租赁、作价出资、转让、交易和政府收购、储备、招标、拍卖、企业改制土地资产处置的管理办法并组织实施；负责国有土地资产和土地市场管理监督工作；指导基准地价、标定地价评测与修订和土地分等定级工作；负责集体所有非农土地使用权的流转管理；负责土地评估成果的确认、备案工作。

规划耕保科

负责农用地用途管制、基本农田保护、土地开发复垦整理、建设占用耕地的占补平衡；组织实施国土综合开发整治的政策措施；负责编制全市的国土规划、土地利用总体规划、矿产资源规划、地质环境规划；组织编制和审核基本农田保护规划、土地复垦规划、土地整理规划、未利用土地开发利用规划等专项规划和矿产资源开发利用规划；编制年度土地利用计划；负责城乡建设用地的预审；参与审核城市总体规划，组织土地开发、土地整理、土地复垦的项目立项申报、实施及验收工作。

地政地籍科

拟定并组织实施地籍管理动态监测、地籍调查和统计的有关规定；负责土地确权、登记、发证和权属纠纷调处，组织地籍权属调查、土地证书年审，并对其成果质量进行检查验收监督；审核土地登记代理机构的资格。

地质矿产科

负责全市采矿的审核、登记注册、发证工作；负责矿产储量、开发利用、保护规划方案的实施；组织矿产流转招标、评估工作；负责矿业秩序整顿及矿产品运销环节的监督管理，调处采矿权属纠纷，指导、协调地质勘探和环境报告；负责零星分散矿产资源勘查成果的管理及各类地质、地矿资源的汇总工作。