（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化等工作。编制部门预算并组织实施，承担财务管理和资产管理工作。组织编制自治州级水利部门预决算，承担机关并指导所属单位财务、国有资产监管工作和审计工作。

（二） 规划计划处。拟订水利规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，牵头编制节约用水规划、水土保持等规划，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施水工程建设规划同意书制度;提出自治州州级水利建设资金、水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划;承担水利统计工作。组织提出中央、自治区水利财政资金安排建议，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织协调和推进落实水利行业重要事项的督办工作。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议，承担水利统计工作。

(三）水政水资源处（自治州节约用水办公室、河湖管理处）。起草水利相关地方性法规和政府规章草案，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨 (县、市)、兵团、中央驻伊单位水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。组织水资源费征收及监督使用。

承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。指导水文工作，组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布水资源公报和水质检测报告。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。按规定指导城市水务有关工作。

拟订节约用水政策，配合编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作;指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。

协助开展水利外事工作，协助办理国际河流有关涉外事务，指导水利行业外资引进工作。

指导水城及其岸线的管理和保护，指导重要河流湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。承担自治州全面推进河(湖)长制领导小组办公室日常工作

(四)水利水电建设运行与管理处（水旱灾害防御处）。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。指导具有控制性或跨区城跨流城重大水利工程的建设。指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导重要河流干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。负责水利行业工程质量、造价、监理的管理工作。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。

指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。承担跨县市区域跨流城水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施，组织指导中小型调水工程前期工作，指导监督跨县市区城跨流城调水工程的调度管理等工作。

组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。

组织开展大中型灌排工程建设与改造。指导农村饮水安全工程建设与管理，指导节水灌溉有关工作；组织拟订农村水能资源开发规划，指导农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作，指导农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。

组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要河流湖泊和重要水工程的防御洪水抗御早灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。

(五）水土保持处。承担水土流失综合防治工作，协助编制水土保持规划并监督实施，指导水土保持重点工程的建设工作，组织水土流失的监测、预报并公告;审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。组织水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用。

(六)组织人事处。承担局机关和指导直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，拟订水利宣传教育规划和计划并组织实施，负责水文化建设工作;组织开展水利建设、水资源管理、水生态保护等方面的宣传教育工作。指导水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。负责水利系统业务培训工作，开展水利科技、教育工作。

机关党委。负责机关和直属单位的党群、纪检监察工作。离退休干部工作处。负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。