根据上述职责，市地方税务局设5个职能科室：
负责制定和落实企业所得税、个人所得税等税收征收管理办法；制定企业所得税、个人所得税征管措施；支持企业加大技改力度，促进经济持续、快速、健康发展，制定和落实相应的配套政策；建立重点财源财务信息网络，完善检查监督机制；落实外商投资企业有关税收政策和管理工作；负责全市营业税、资源税、城市维护建设税、房产税、土地使用税、土地增值税、车船使用税、印花税、耕地占用税、契税等地方税种的征收管理工作，贯彻执行有关法规政策，研究制定具体征管办法，并监督检查执行情况。
负责税收征管法规和有关规章制度的贯彻实施，落实具体征管措施、办法，并监督检查执行情况；指导做好税收征管基础工作和规范化工作，加快征管现代化建设；负责拟订税收征管改革方案，并指导组织实施；负责税务登记、纳税申报、税款征收、税务文书、门征开票、外经证、滞纳金等各项税收征管工作；负责地方税务系统发票、收款收据的印刷、发放、使用等管理工作；负责并指导税控机的安装、使用、维护等管理工作；负责指导税务保全措施和税务强制执行措施；负责地方税务系统的税务行政复议、诉讼工作。
编制年度地方税收计划，执行、分析全市地方税收完成情况；制定税收计划、会计核算、统计、票证和重点税源监控工作相关制度，编制有关报表，并组织实施和监督检查；承担全市重点税源企业监控管理和税收票证印制、领发、保管工作；办理延期缴纳税款的审批事项；管理税收收入数据的指标体系和标准，督促检查税收会计统计数据质量；组织开展税收收入预测、税收收入能力估算、税收经济预警分析；组织实施减免税统计调查等工作。
负责全市范围内有关社会保障基金、残疾人就业保障金、水利基金等各类基金（费）征收管理业务；贯彻落实上级有关基金（费）征收管理办法及规定；指导、检查、监督各地各单位的执行情况；负责在全市范围内开展有关各类基金（费）业务的调研工作；会同有关部门开展基金（费）业务的宣传、培训工作；做好各项基金（费）的监督考核机制。
负责拟订全市纳税服务工作整体规划、有关制度和年度工作计划并组织实施；负责指导、协调、监督和评价全市纳税服务工作，规范和完善纳税服务机制；负责全市地税系统办税服务厅建设标准和服务规范的制定和检查评价工作；组织协调实施纳税辅导、咨询服务、纳税服务投诉受理和税务外网维护等工作；组织实施税法宣传。
市地方税务局的内设综合性机构与市财政局合设。
