根据保山市国土资源局的主要职能职责，市国土资源局内设9个职能科（室）。

办公室

组织协调局机关日常工作，负责有关文件的起草，重要会议的组织、文电处理、秘书事务、信息综合、新闻宣传、督查、档案、机要保密、信访、接待、保卫等工作。管理机关服务工作。

政策法规科（执法监察室）

组织起草有关土地资源、矿产资源管理的政策规定，制订有关执法监察和违法案件查处的规定办法；组织协调局机关内有关规范性文件的起草；组织有关法制宣传教育工作；承办有关行政复议事宜；组织开展国土资源管理政策措施和发展战略的调查研究，起草综合性国土资源管理政策规定；组织对执行和遵守国家、省、市有关国土资源法律、法规和政策情况进行监督检查；依法组织查处有关国土资源方面的重大事件；业务领导执法监察队的工作。

地籍测绘科

制订地籍管理办法，制订土地确权、土地登记发证规程在全市的实施方案、调处重大土地权属纠纷并指导各县（区）开展纠纷调处工作；制定土地调查、地籍调查、土地统计、动态监测，开展土地资源状况评价、统计监测、数据分析等工作；组织实施土地确权、城乡地籍、土地登记发证等工作负责报国家、省审批的各类用地审查工作；负责测绘行政工作、负责国土资源管理的综合统计工作和测绘队伍资质审核工作。

规划科

组织编制全市国土规划、土地利用总体规划、矿产资源保护与合理利用规划、地质勘查规划、地质灾害防治规划、地质遗迹保护规划以及其他专项规划和年度计划，并依法实施监督；指导、审核县（区）及县（区）政府所在地乡（镇）土地利用总体规划、矿产资源保护与合理利用规划；参与上报审批的城市总体规划的审核；负责协调矿产资源的调查评价；组织实施国家、省审批的建设项目用地预审；负责新技术、新知识的推广运用。

耕地保护利用科

制定耕地特殊保护，鼓励耕地开发和移民搬迁的规定、办法，实施农地用途管制，组织实施基本农田保护；承办上报国家、省政府批准的农地转用、征用、农村居民建设农地转用、土地开发及移民工程用地的审查、汇总报批；指导并监督未利用土地开发、土地整理、复垦和开发耕地工作，确保耕地占补平衡；组织实施土地使用权划拨、出让、租赁、作价出资、转让、交易和政府收购储备土地管理；指导农村集体非农土地使用权的流转管理；组织实施土地定级、基准地价、标定地价评测，确认土地使用权评估价格。

地质环境科

制订并组织实施地质环境保护、地质灾害防治管理规定、办法；对地质环境进行监督管理；指导地质灾害和地热资源动态检测、评价和预报；组织协调重大地质灾害的防治；审核上报地质灾害评估机构资格；参与认定具有重要价值的地质景观、古生物化石产地、标准地质剖面等地质踪迹保护区，组织保护本市范围内的地质踪迹。

矿产资源勘查开发管理科

承担探矿权的审查、登记发证、变更、延续、保留、注销等工作；调处重大地质勘查争议、纠纷，保护合法探矿权；组织审查上报矿业权评估机构资质，依法收缴有关探矿权的规费；组织实施矿产资源储量管理，矿产资源储量的评审、认定、登记、统计，管理地质资料，组织开展矿产资源供需形势分析，研究矿产资源政策和发展战略；参与审批开办矿山企业的立项报告，负责审批矿山闲坑地质报告；对矿产资源开发、利用和保护工作进行指导、监督、检查；负责采矿权的审批、登记发证和采矿权转让审批登记；调处重大采矿权属纠纷，保护合法采矿权；参与矿业权评估机构资质认定；组织矿产资源补偿费的征收管理，依法收缴采矿权价款、采矿权使用费；组织开展地热水、矿泉水等矿产资源评价、监测，并对其开发利用实施监督管理。

组织人事科

负责局机关、派出机构的机构编制组织人事、劳动工资、考核、行业专业技术职称评审工作；承办局属单位领导班子建设的具体工作和县区国土资源部门领导干部双重管理的具体工作；起草编制国土资源系统干部培训教育规划，组织指导全市国土资源系统干部职工教育、培训工作；负责局机关离退休人员的服务管理工作。做好上级部门和市组织、人事部门交办的其他组织人事管理工作。

财务科

汇总编制落实年度国土整治、土地利用、矿产资源保护与合理利用、地质灾害防治等所需经费计划；负责国家、省、市财政拨给的国土资源业务经费及其他专项资金的财务管理；组织实施土地、矿产资源有关规费征收、使用管理；管理国土资源国有资产，对机关及直属视野单位的国有资产和财务进行管理；编报并落实年度财务计划；组织实施国土资源财务会计制度；指导下属单位财务管理工作，对直属单位的财务和国有资产管理进行监督和审计；负责市国土资源管理的各项行政事业收费及专项收费的征收管理；负责市国土资源工作经费、专项经费及其他资金的财务管理。